Molecular tools to characterize greenhouses’s diversity in ornamentals crops
Des outils moléculaires pour caractériser la diversité réelle des thysanoptères en cultures ornementales et faciliter le diagnostic
Résumé
Thrips are among the most important pests in greenhouses worldwide because of recurrent outbreaks of both native and invading species. Yet, their biodiversity, distribution and ecology remain still poorly documented, probably because of their small size, the high morphological similarity between taxa and their discretion apart from the outbreak in crops. In this study, we thus developed a so-called DNABarcoding approach coupling, on one side, the sequencing of some molecular markers - e.g. a part of the mitochondrial marker Cytochrome Oxidase I (COI) – and, on the other, the precise examination of some morphological characters. Thanks to a collaborative network, several thousands of samples were hence collected in or around crops and more than 1000 individuals were characterized, making it possible (i) to clarify the actual diversity of thrips in these agroecosystems, ii) to focus on some particular (risky and/or invading) species, iii) to design a fast, simple and low cost molecular diagnostic tool for their identification.
Les thrips comptent parmi les ravageurs les plus importants des agrosystèmes serres en raison des attaques récurrentes des espèces indigènes et envahissantes. Pourtant, la biodiversité, la distribution et l'écologie des différentes espèces de thrips sont encore peu documentées. Leur petite taille, la forte similitude morphologique entre les différentes espèces et leur discrétion en dehors des pullulations sur cultures expliquent probablement cette situation. Dans ce travail, nous nous sommes donc intéressés à la diversité des thysanoptères collectés en cultures ornementales en France via une approche de type « DNA-Barcoding » couplant une caractérisation moléculaire basée notamment sur une portion du gène mitochondrial cytochrome oxydase (COI) et une caractérisation précise sur des caractères morphologiques. Grâce à un vaste réseau collaboratif, plus de 1000 échantillons de thrips ont ainsi été échantillonnées parmi lesquels plusieurs centaines ont été caractérisés ce qui nous a permis i) de clarifier la diversité réelle des thrips dans ces agroécosystèmes, ii) de rechercher plus particulièrement certaines espèces spécifiques présentant des risques élevés et/ou nouvelles sur le territoire, iii) concevoir un outil de diagnostic moléculaire rapide, simple et peu coûteux pour leur identification en routine.
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