La teneur totale en polyphénols et le profil phénolique de pommes issues d’une expérimentation système qui permet d’individualiser l’effet du système de culture (conventionnel, bas-intrants, agriculture biologique (AB)) et de la variété (Ariane, Melrose, Smoothee) ont été analysés pendant trois ans par analyse HPLC en phase inverse avec ou sans thiolyse. L’analyse multivariée pointe la variété et l’année comme principaux facteurs affectant le profil phénolique des pommes. Un focus sur Ariane en 2011 pour approfondir l’effet du système de culture montre que la teneur totale en polyphénols de l’épiderme ou du parenchyme ne diffère pas entre systèmes. Les procyanidines, composés majoritaires, présentent également des teneurs similaires entre systèmes. La teneur en composés de l’épiderme tels que la (-)-épicatéchine et l’acide 5’-caféoylquinique est significativement plus élevée dans les pommes en AB, mais c’est l’inverse pour la (+)-catéchine du parenchyme. La teneur en phloridzine dans l’épiderme est significativement différente entre systèmes (AB>bas-intrants>conventionnel). La teneur en cyanidine-3-O-galactoside est plus faible dans la peau de pommes bas-intrants. Les mêmes voies métaboliques étant en jeu dans l’élaboration des composés phénoliques, ces résultats soulignent la complexité des mécanismes à l’origine de la synthèse des polyphénols dans la plante. Enfin, considérer une gamme d’intensité des pratiques, déclinée pour trois variétés, plutôt que deux systèmes contrastés (e.g. AB vs. conventionnel), identifie principalement la variété puis l’année de récolte comme facteurs affectant la teneur en polyphénols des pommes.