La transition agroécologique est multidimensionnelle. Elle appelle à revoir la conception des systèmes de production qui concerne autant les cultures que l’élevage, et plus encore, les complémentarités et synergies qui peuvent être trouvées entre ces filières agricoles. Prenant pour exemple la niche d’innovation Bleu-Blanc-Coeur, nous nous interrogeons sur sa contribution à la transition agroécologique, au regard de l’organisation entre filières du végétal et de l’animal qu’elle cherche à mettre en place, plus spécifiquement ici pour les systèmes d’élevage laitier. Après avoir appelé le rôle que peuvent jouer les niches d’innovation dans les processus de transition, au travers de l’approche heuristique multi-niveaux, nous analysons comment la niche Bleu-Blanc-Coeur s’est structurée au cours des années 2000 et impacte sur l’organisation des filières.