Comparative genomics reveals insights into avian genome evolution and adaptation - INRAE - Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement Accéder directement au contenu
Article Dans Une Revue Science Année : 2014

Comparative genomics reveals insights into avian genome evolution and adaptation

Guojie Zhang , Cai Li , Qiye Li , Bo Li , Denis M Larkin , Chul Lee , Jay F Storz , Agostinho Antunes , Matthew J Greenwold , Robert W Meredith , Jie Cui , Qi Zhou , Luohao Xu , Hailin Pan , Zongji Wang , Lijun Jin , Pei Zhang , Haofu Hu , Wei Yang , Jiang Hu , Jin Xiao , Zhikai Yang , Yang Liu , Qiaolin Xie , Hao Yu , Jinmin Lian , Ping Wen , Fang Zhang , Hui Li , Yongli Zeng , Zijun Xiong , Shiping Liu , Long Zhou , Zhiyong Huang , Na An , Jie Wang , Qiumei Zheng , Yingqi Xiong , Guangbiao Wang , Bo Wang , Jingjing Wang , Yu Fan , Rute R da Fonseca , Alonzo Alfaro-Núñez , Mikkel Schubert , Ludovic Orlando , Tobias Mourier , Jason T Howard , Ganeshkumar Ganapathy , Andreas Pfenning , Osceola Whitney , Miriam V Rivas , Erina Hara , Julia Smith , Marta Farré , Jitendra Narayan , Gancho Slavov , Michael N Romanov , Rui Borges , João Paulo Machado , Imran Khan , Mark S Springer , John Gatesy , Federico G Hoffmann , Juan C Opazo , Olle Håstad , Roger H Sawyer , Heebal Kim , Kyu-Won Kim , Hyeon Jeong Kim , Seoae Cho , Ning Li , Yinhua Huang , Michael W Bruford , Xiangjiang Zhan , Andrew Dixon , Mads F Bertelsen , Elizabeth Derryberry , Wesley Warren , Richard K Wilson , Shengbin Li , David A Ray , Richard E Green , Stephen J O'Brien , Darren Griffin , Warren E Johnson , David Haussler , Oliver A Ryder , Eske Willerslev , Gary R Graves , Per Alström , Jon Fjeldså , David P Mindell , Scott V Edwards , Edward L Braun , Carsten Rahbek , David W Burt , Peter Houde , Yong Zhang , Huanming Yang , Jian Wang , - Avian Genome Consortium (1) , Erich D Jarvis , M Thomas P Gilbert , Jun Wang
Guojie Zhang
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Cai Li
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Qiye Li
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Bo Li
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  • PersonId : 760518
  • IdRef : 153351551
Denis M Larkin
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Chul Lee
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Jay F Storz
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Agostinho Antunes
Matthew J Greenwold
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Robert W Meredith
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Jie Cui
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Qi Zhou
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Luohao Xu
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Hailin Pan
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Zongji Wang
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Lijun Jin
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Pei Zhang
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  • IdRef : 219887357
Haofu Hu
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Wei Yang
Jiang Hu
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Jin Xiao
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Zhikai Yang
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Yang Liu
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Qiaolin Xie
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Hao Yu
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  • PersonId : 771227
  • IdRef : 204031214
Jinmin Lian
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Ping Wen
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Fang Zhang
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  • PersonId : 772635
  • IdRef : 18430038X
Hui Li
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Yongli Zeng
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Zijun Xiong
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Shiping Liu
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Long Zhou
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Zhiyong Huang
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Na An
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Jie Wang
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Qiumei Zheng
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Yingqi Xiong
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Guangbiao Wang
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Bo Wang
Jingjing Wang
Yu Fan
Rute R da Fonseca
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Alonzo Alfaro-Núñez
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Mikkel Schubert
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Ludovic Orlando
Tobias Mourier
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Jason T Howard
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Ganeshkumar Ganapathy
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Andreas Pfenning
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Osceola Whitney
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Miriam V Rivas
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Erina Hara
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Julia Smith
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Marta Farré
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Jitendra Narayan
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Gancho Slavov
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Michael N Romanov
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Rui Borges
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João Paulo Machado
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Imran Khan
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Mark S Springer
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John Gatesy
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Federico G Hoffmann
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Juan C Opazo
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Olle Håstad
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Roger H Sawyer
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Heebal Kim
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Kyu-Won Kim
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Hyeon Jeong Kim
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Seoae Cho
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Ning Li
Yinhua Huang
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Michael W Bruford
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Xiangjiang Zhan
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Andrew Dixon
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Mads F Bertelsen
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Elizabeth Derryberry
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Wesley Warren
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Richard K Wilson
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Shengbin Li
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David A Ray
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Richard E Green
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Stephen J O'Brien
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Darren Griffin
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Warren E Johnson
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David Haussler
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Oliver A Ryder
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Eske Willerslev
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Gary R Graves
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Per Alström
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Jon Fjeldså
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David P Mindell
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Scott V Edwards
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Edward L Braun
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Carsten Rahbek
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David W Burt
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Peter Houde
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Yong Zhang
Huanming Yang
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Jian Wang
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  • PersonId : 737345
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Erich D Jarvis
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M Thomas P Gilbert
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Jun Wang
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  • PersonId : 881572

Résumé

Birds are the most species-rich class of tetrapod vertebrates and have wide relevance across many research fields. We explored bird macroevolution using full genomes from 48 avian species representing all major extant clades. The avian genome is principally characterized by its constrained size, which predominantly arose because of lineage-specific erosion of repetitive elements, large segmental deletions, and gene loss. Avian genomes furthermore show a remarkably high degree of evolutionary stasis at the levels of nucleotide sequence, gene synteny, and chromosomal structure. Despite this pattern of conservation, we detected many non-neutral evolutionary changes in protein-coding genes and noncoding regions. These analyses reveal that pan-avian genomic diversity covaries with adaptations to different lifestyles and convergent evolution of traits.

Dates et versions

hal-02638265 , version 1 (28-05-2020)

Identifiants

Citer

Guojie Zhang, Cai Li, Qiye Li, Bo Li, Denis M Larkin, et al.. Comparative genomics reveals insights into avian genome evolution and adaptation. Science, 2014, 346 (6215), pp.1311-1320. ⟨10.1126/science.1251385⟩. ⟨hal-02638265⟩
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