The coffee genome provides insight into the convergent evolution of caffeine biosynthesis
France Denoeud
(1)
,
Lorenzo Carretero-Paulet
(2)
,
Alexis Dereeper
(3)
,
Gaëtan Droc
(4, 5)
,
Romain Guyot
(6)
,
Marco Pietrella
(7)
,
Chunfang Zheng
(8)
,
Adriana A. Alberti
(9)
,
François Anthony
(3)
,
Giuseppe Aprea
(7)
,
Jean-Marc Aury
(1)
,
Pascal Bento
(1)
,
Maria Bernard
(1)
,
Stephanie Bocs
(4, 5)
,
Claudine Campa
(10, 6)
,
Alberto Cenci
(11, 12, 3)
,
Marie-Christine Combes
(3)
,
Dominique Crouzillat
(13)
,
Corinne da Silva
(1)
,
Loretta Daddiego
(7)
,
Fabien de Bellis
(4, 5)
,
Stéphane Dussert
(10, 6)
,
Olivier Garsmeur
(4, 5)
,
Thomas Gayraud
(6)
,
Valentin Guignon
(12)
,
Katharina Jahn
(8, 14, 15)
,
Véronique Jamilloux
(16)
,
Thierry Joet
(6)
,
Karine Labadie
(17, 9)
,
Tianying Lan
(2, 18)
,
Julie Leclercq
(4, 5)
,
Maud Lepelley
(13)
,
Thierry Leroy
(4, 5)
,
Lei-Ting Li
(19)
,
Pablo Librado
(20)
,
Loredana Lopez
(7)
,
Adriana Muñoz
(21, 22)
,
Benjamin Noel
(1)
,
Alberto Pallavicini
(23)
,
Gaetano Perrotta
(7)
,
Valérie Poncet
(6)
,
David Pot
(4, 5)
,
- Priyono
(24)
,
Michel Rigoreau
(13)
,
Mathieu Rouard
(12)
,
Julio Rozas
(20)
,
Christine Tranchant-Dubreuil
(6)
,
Robert Vanburen
(19)
,
Qiong Zhang
(19)
,
Alan C Andrade
(25)
,
Xavier Argout
(4, 5)
,
Benoit Bertrand
(11, 5)
,
Alexandre de Kochko
(6)
,
Giorgio Graziosi
(23)
,
Robert J Henry
(26)
,
- Jayarama
(27)
,
Ray Ming
(19)
,
Chifumi Nagai
(28)
,
Steve Rounsley
(29)
,
David Sankoff
(8)
,
Giovanni Giuliano
(7)
,
Victor A Albert
(2)
,
Patrick Wincker
(30, 31, 9)
,
Philippe Lashermes
(3)
1
LBGB -
Laboratoire de Bioinformatique pour la Génomique et la Biodiversité
2 SUNY Buffalo - University at Buffalo [SUNY]
3 UMR IPME - UMR - Interactions Plantes Microorganismes Environnement
4 UMR AGAP - Amélioration génétique et adaptation des plantes méditerranéennes et tropicales
5 Cirad-BIOS - Département Systèmes Biologiques
6 UMR DIADE - Diversité, adaptation, développement des plantes
7 ENEA - Agenzia Nazionale per le nuove Tecnologie, l’energia e lo sviluppo economico sostenibile = Italian National Agency for New Technologies, Energy and Sustainable Economic Development
8 Department of Mathematics and Statistics [Ottawa]
9 IG - Institut de Génomique d'Evry
10 IRD - Institut de Recherche pour le Développement
11 UMR RPB - Résistance des plantes aux bio-agresseurs
12 Bioversity, Parc Scientifique Agropolis II
13 Nestlé France
14 CeBiTec - Center for Biotechnology
15 Universität Bielefeld = Bielefeld University
16 URGI - Unité de Recherche Génomique Info
17 CEA - Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives
18 Chongqing University of Science & Technology
19 UIUC - University of Illinois at Urbana-Champaign [Urbana]
20 IRBio UB - Institut de Recerca de la Biodiversitat - Biodiversity Research Institute [Barcelona, Spain]
21 University of Ottawa [Ottawa]
22 Department of Mathematics [College Park]
23 Università degli studi di Trieste = University of Trieste
24 Indonesian Coffee and Cocoa Research Institute
25 Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia [Brasília]
26 QAAFI - Queensland Alliance for Agriculture and Food Innovation
27 UQ [All campuses : Brisbane, Dutton Park Gatton, Herston, St Lucia and other locations] - The University of Queensland
28 Hawaii Agriculture Research Center
29 University of Arizona
30 UMR 8030 - Génomique métabolique
31 UEVE - Université d'Évry-Val-d'Essonne
2 SUNY Buffalo - University at Buffalo [SUNY]
3 UMR IPME - UMR - Interactions Plantes Microorganismes Environnement
4 UMR AGAP - Amélioration génétique et adaptation des plantes méditerranéennes et tropicales
5 Cirad-BIOS - Département Systèmes Biologiques
6 UMR DIADE - Diversité, adaptation, développement des plantes
7 ENEA - Agenzia Nazionale per le nuove Tecnologie, l’energia e lo sviluppo economico sostenibile = Italian National Agency for New Technologies, Energy and Sustainable Economic Development
8 Department of Mathematics and Statistics [Ottawa]
9 IG - Institut de Génomique d'Evry
10 IRD - Institut de Recherche pour le Développement
11 UMR RPB - Résistance des plantes aux bio-agresseurs
12 Bioversity, Parc Scientifique Agropolis II
13 Nestlé France
14 CeBiTec - Center for Biotechnology
15 Universität Bielefeld = Bielefeld University
16 URGI - Unité de Recherche Génomique Info
17 CEA - Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives
18 Chongqing University of Science & Technology
19 UIUC - University of Illinois at Urbana-Champaign [Urbana]
20 IRBio UB - Institut de Recerca de la Biodiversitat - Biodiversity Research Institute [Barcelona, Spain]
21 University of Ottawa [Ottawa]
22 Department of Mathematics [College Park]
23 Università degli studi di Trieste = University of Trieste
24 Indonesian Coffee and Cocoa Research Institute
25 Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia [Brasília]
26 QAAFI - Queensland Alliance for Agriculture and Food Innovation
27 UQ [All campuses : Brisbane, Dutton Park Gatton, Herston, St Lucia and other locations] - The University of Queensland
28 Hawaii Agriculture Research Center
29 University of Arizona
30 UMR 8030 - Génomique métabolique
31 UEVE - Université d'Évry-Val-d'Essonne
France Denoeud
- Fonction : Auteur
- PersonId : 908628
- IdHAL : france-denoeud
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- IdRef : 078754917
Gaëtan Droc
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1213825
- ORCID : 0000-0003-1849-1269
- IdRef : 250355345
Romain Guyot
- Fonction : Auteur
- PersonId : 801032
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- IdRef : 224213946
Adriana A. Alberti
- Fonction : Auteur
- PersonId : 183113
- IdHAL : adriana-alberti
- ORCID : 0000-0003-3372-9423
Jean-Marc Aury
- Fonction : Auteur
- PersonId : 756899
- IdHAL : jean-marc-aury
- ORCID : 0000-0003-1718-3010
Maria Bernard
- Fonction : Auteur
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- IdHAL : maria-bernard
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Stephanie Bocs
- Fonction : Auteur
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- IdHAL : stephanie-bocs
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- IdRef : 089427181
Corinne da Silva
- Fonction : Auteur
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- IdHAL : corinne-da-silva
Fabien de Bellis
- Fonction : Auteur
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Olivier Garsmeur
- Fonction : Auteur
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- IdRef : 250349809
Valentin Guignon
- Fonction : Auteur
- PersonId : 760383
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Véronique Jamilloux
- Fonction : Auteur
- PersonId : 185138
- IdHAL : veronique-jamilloux
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Karine Labadie
- Fonction : Auteur
- PersonId : 757912
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- IdRef : 089020235
Benjamin Noel
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1168862
- ORCID : 0000-0002-5830-3253
Alberto Pallavicini
- Fonction : Auteur
- PersonId : 765359
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Valérie Poncet
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1202891
David Pot
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1203350
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- IdRef : 083170332
Mathieu Rouard
- Fonction : Auteur
- PersonId : 769134
- ORCID : 0000-0003-0284-1885
Julio Rozas
- Fonction : Auteur
- PersonId : 771271
- ORCID : 0000-0002-6839-9148
Qiong Zhang
- Fonction : Auteur
- PersonId : 777777
- ORCID : 0000-0002-9137-2883
Patrick Wincker
- Fonction : Auteur
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- IdHAL : patrick-wincker
- ORCID : 0000-0001-7562-3454
Résumé
Coffee is a valuable beverage crop due to its characteristic flavor, aroma, and the stimulating effects of caffeine. We generated a high-quality draft genome of the species Coffea canephora, which displays a conserved chromosomal gene order among asterid angiosperms. Although it shows no sign of the whole-genome triplication identified in Solanaceae species such as tomato, the genome includes several species-specific gene family expansions, among them N-methyltransferases (NMTs) involved in caffeine production, defense-related genes, and alkaloid and flavonoid enzymes involved in secondary compound synthesis. Comparative analyses of caffeine NMTs demonstrate that these genes expanded through sequential tandem duplications independently of genes from cacao and tea, suggesting that caffeine in eudicots is of polyphyletic origin.
Origine : Fichiers produits par l'(les) auteur(s)