Les maladies cryptogamiques les plus importantes auxquelles la culture du tournesol est soumise sont le phoma (Phoma macdonaldii), le mildiou (Plasmopara halstedii), le phomopsis (Phomopsis helianthi) et le sclérotinia (Sclerotinia sclerotiorum). Grâce au progrès génétique, la principale méthode de lutte contre les maladies du tournesol repose aujourd’hui sur l’utilisation de variétés à bon comportement. La lutte agronomique regroupe une diversité de mesures contribuant à réduire le risque d’attaques et à limiter l’impact de celles-ci sur la culture. Basées sur la prévention (ex. succession de cultures), l'esquive (ex. date de semis) ou la création de conditions peu favorables à l'expression du champignon pathogène (rationnement végétatif), ces mesures sont autant de pratiques dont l’effet partiel sur les maladies du tournesol a été démontré. L’association, au cours du temps et à l’échelle de la région, des méthodes de lutte agronomique, génétique, chimique et biologique, est la clé pour une maîtrise efficace et durable des maladies du tournesol.