Utilisation de données transcriptomiques pour l'étude du déterminisme génétique de la qualité du jambon cuit
Résumé
Meat Quality is of critical importance for both consumers and processing industry. Currently, it is really difficult to measure this complex trait in a unique manner. The quality of raw pig meat is influenced by a large number of genetic and non-genetic factors including rearing conditions, transport, slaughtering and meat processing . Genetic effects play a crucial role in determining pig meat quality since 10% to 30% of the variation in meat quality traits is determined by the genetic background of the animal. This study aims to identify genetically determined variations in ham quality and their genetic relationships with muscle characteristics, and to characterized differentially expressed genes between two types of muscles Longissimus dorsi and Semimembranosus. First, both positional (QTL research) and expressional (eQTL) genomics were intended to identify loci involved in the quality of pork meat. Thus, 8 QTLs involved in the variation of ultimate pH and colour have been identified. One of them is involved in variation of « L » and shows an important effect of allele substitution. Moreover we have identified many eQTLs co-localised with QTL. Fine mapping will be now required to identify more accurately these potential regulatory genes. This future research will benefit from the progress made in genotyping technologies (with the access to high-density SNP markers) and from the Porcine Genome Sequencing Project. In the second part of this study we have identified divergent gene expression pattern between Longissimus dorsi and Semimembranosus. This divergent pattern clearly demonstrate moderate reliability in predicting the quality of one muscle based on the gene expression profiling of another one.
La qualité de la viande est un critère de choix important pour le consommateur et l'industriel. Actuellement, il n'existe pas de critère unique, fiable permettant d'estimer la qualité de la viande. Celle-ci est influencée par des facteurs d'ordre environnementaux ou génétiques. On estime que 10 à 30 % de la variation de la qualité de la viande est sous l'influence de facteurs génétiques. L'objectif de cette étude est d'une part de mieux comprendre le déterminisme génétique de la qualité du jambon et sa relation avec les caractéristiques musculaires et d'autre part de déterminer les spécificités des profils d’expression de deux muscles le Longissimus dorsi et le Semimembranosus. Dans un premier temps une approche combinée de détection de QTL et de eQTL a été utilisée pour identifier des loci responsables de la variation de la qualité de la viande de porc. Nous avons ainsi identifié huit QTL impliqués dans la variabilité du pHu et de la couleur. Le QTL détecté sur le chromosome 10 pour le caractère L* a un fort effet de substitution allélique.
De plus, nous avons identifié de nombreux eQTL co-localisés à ces 5 QTL. La cartographie fine des régions d'intérêt est maintenant nécessaire pour localiser les gènes candidats. Ces approches de cartographie fine bénéficieront des avancées technologiques faites en terme de génotypage et de la finalisation du séquençage du génome porcin. Dans la seconde partie de cette étude, nous avons montré l'existence de profils d'expression génique divergeant entre les muscles Longissimus dorsi et Semimembranosus. Cette différence d'expression génique met en évidence la valeur de
prédiction modérée que l'on peut attendre d'un marqueur unique de qualité pour ces deux muscles.
Origine : Fichiers produits par l'(les) auteur(s)
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