Reconstituting the diet of grazing domestic herbivores using metabarcoding
Reconstituer la composition du régime alimentaire des herbivores domestiques au pâturage : l'approche par métabarcoding
Résumé
Identifying the type of grass ingested by grazing stock remains a bottleneck for analyzing the extent to which available grass affects the properties of end animal products. The use of metabarcoding technology, as presented in this document, offers promising perspectives in terms of better understanding the interactions between ingested grass, animals (mainly their eating habits) and end products (and their quality). This experiment was carried out in order to test this technology on the faeces of dairy cattle grazing on grassland with a diversified botanical composition. By sequencing plant DNA fragments found in tested faeces, it was possible to identify the full range of ingested taxons. Twice as many taxons were found in the faeces of cattle grazing on botanically rich grassland with a low stocking rate compared to faeces from cattle grazing on botanically poor grassland with a high stocking rate.
Savoir exactement ce que les animaux ont ingéré au pâturage demeure un verrou pour affiner l'analyse entre herbe offerte et caractéristiques du produit animal correspondant. La technique de métabarcoding (dite aussi code-barres ADN), ici présentée, offre des perspectives prometteuses pour la compréhension des interactions entre herbe, animal et produits animaux. Une expérimentation a permis de tester cette technique sur des fèces de vaches laitières pâturant des prairies de composition botanique très contrastée. Par séquençage des fragments d'ADN des plantes retrouvés dans les fèces, nous avons pu identifier l'ensemble des taxons ingérés (au niveau de la famille, du genre ou de l'espèce végétale) et montrer qu'il y avait 2 fois plus de taxons différents dans les fèces des vaches pâturant à faible chargement une prairie diversifiée que dans les fèces des vaches pâturant à fort chargement une prairie moins diversifiée. Cette caractérisation des plantes ingérées au pâturage est un élément de connaissance important pour les études portant sur le comportement alimentaire et les performances des animaux ainsi que sur la qualité des produits.