L’objectif de cette étude était de caractériser la dynamique de colonisation d’un matériau modèle (du bois de hêtre) par les lignivores au cours de la décomposition, dans une forêt native et sous quatre essences de substitution à la forêt native feuillue. La technique d’empreinte génétique de TGGE (électrophorèse sur gel en gradient de température) ciblée sur l’ADN ribosomique, amplifié par les amorces ITS1F et ITS2, a été optimisée et utilisée pour déterminer les espèces fongiques dominantes ainsi que la diversité totale au cours des deux années d’incubation in situ des échantillons. La diversité bactérienne a également été étudiée sur les échantillons prélevés après deux années d’incubation. Les données indiquent que le peuplement et la durée d’incubation modifient la structure des communautés fongiques. Il n’y a cependant pas de forte diminution du nombre d’espèces ni de l’index de diversité de Shannon-Wiener associée au changement d’essence forestière. Toutefois, il y a une forte évolution dans la structure des communautés de décomposeurs entre les peuplements, à la fois pour les champignons et les bactéries. Les effets des paramètres environnementaux sont discutés.