Chez les arbres fruitiers, la sélection classique doit faire face à des contraintes nombreuses qui ralentissent fortement le développement et l’édition de nouvelles variétés. Les méthodes de sélection sont souvent empiriques, par suite de la faible connaissance des facteurs génétiques impliqués, à laquelle s’ajoute l’influence de l’environnement. C’est pourquoi une demande forte des sélectionneurs pour de nouveaux outils qui permettraient une sélection plus rapide, est apparue. Depuis une dizaine d’années, le développement important de la biologie moléculaire chez les plantes pérennes et en particulier celui de la cartographie génétique et des techniques d’analyse des caractères quantitatifs, a permis de développer une nouvelle approche: la sélection assistée par marqueurs ou SAM. Celle-ci s’appuie sur les recherches d’amont et sur des techniques permettant le génotypage à haut débit d’un grand nombre d’individus. Elle est déjà exploitée pour des caractères à hérédité simple dans plusieurs programmes de sélection variétale, notamment pour le pêcher. Cependant, bien que son développement et sa mise en oeuvre soient plus complexes lorsqu’il s’agit de caractères à effet quantitatif ou lorsque l’on désire cumuler plusieurs caractères d’intérêt, elle permet une réelle amélioration de la sélection classique. La SAM apparaît donc une approche prometteuse pour l’innovation variétale chez les arbres fruitiers.