Différents systèmes et protocoles ont été utilisés pour estimer la respiration annuelle du sol de plusieurs sites forestiers. Afin de comparer ces valeurs annuelles, cette étude avait pour but d’inter-calibrer cinq systèmes de mesure du flux de CO2 du sol (RS) à chambre fermée dynamique, et de comparer in situ les méthodes de mesure. Nous avons évalué dans un premier temps l’impact la méthodologie de mesure sur RS à travers trois paramètres : la durée de mesure, le délai avant de commencer la mesure et le mode de contact chambre-sol (utilisation de colliers ou insertion de la chambre). Dans un second temps, nous avons comparé directement les systèmes au cours de trois campagnes de mesures sur le terrain dans trois sites forestiers. Nous avons trouvé une influence significative du mode de contact chambre-sol, mais pas d’impact des paramètres de mesure. Les mesures obtenues par insertion de la chambre donnent des estimations plus importantes de RS que celles obtenues par utilisation de colliers (jusqu’à 28 %). Notre inter-comparaison a montré que des écarts entre des mesures faites avec les différents systèmes sont partiellement systématiques, et pourraient être corrigés par des équations linéaires simples. Les mesures de différences de pressions entre l’intérieur et l’extérieur de la chambre ont permis d’expliquer en partie les écarts observés. Finalement, l’influence des équations d’intercomparaison sur la respiration annuelle du sol de deux hêtraies est présentée.