L'apparentement entre parents, la variation de fertilité entre clones et la pollution pollinique font dévier le gain génétique réalisé et la diversité génétique des valeurs attendues en verger à graines de clones à pollinisation libre, en particulier pour une espèce à pollinisation anémophile comme Pinus pinaster Aiton. Ce travail étudie la variation génétique, le système de reproduction et la contamination du pollen d'un verger à graines de clones (VGC) de P. pinaster, en génotypant les 60 clones du VGC et les graines récoltées sur 21 arbres-mères pour trois marqueurs microsatellites nucléaires. La diversité attendue s'est révélée similaire mais l'hétérozygotie observée a diminué de 20 % chez les descendants par rapport aux parents. Le taux d'allofécondation était de 90,1 %, la consanguinité biparentale calculée grâce à une approche multilocus était de 21,7 % et le taux d'autofécondation observé était de 52,4 %. D'après ces résultats, nous avons conclu que les flux de gènes observés et la consanguinité biparentale étaient élevés et que des précautions devaient être prises dans la mise en place et la gestion de futurs VGC, l'apparentement entre clones devrait en particulier être vérifié et le nombre de copies d'un individu pourrait être directement proportionnel à sa valeur génétique.