Le diagnostic des Encéphalopathies Spongiformes Transmissibles (EST) des ruminants est aujourd’hui basé sur la mise en évidence de l’isoforme pathologique, résistante à la protéinase K, de la protéine PrP, la PrPres. La PrPres peut être mise en évidence in situ, à l’aide de techniques immunohistochimiques ou, bien après extraction et traitement à la protéinase K, par des techniques immunochimiques (western blot, Enzyme Linked ImmunoSorbent Assay). Si le diagnostic de routine des encéphalopathies spongiformes animales a fait de gros progrès ces dernières années, il demeure un diagnostic post-mortem qui n’est applicable qu’aux tissus nerveux d’animaux suffisamment âgés pour permettre la formation de dépôts de PrPres dans le système nerveux central. La biopsie d’amygdales offre une possibilité de diagnostic ante-mortem chez les seuls animaux dont le tissu lymphoïde présente une accumulation de PrPres, les ovins génétiquement sensibles et la chèvre. Deux voies de développement des tests sont poursuivies actuellement : d’une part la mise au point d’un diagnostic sanguin précoce basé sur la détection de PrPres ou d’un autre marqueur spécifique de l’incubation d’une EST, et d’autre part des tests permettant de distinguer entre elles les souches de prion, notamment la souche Encéphalopathie Spongiforme Bovine (ESB). Ces évolutions constitueraient un progrès considérable pour notre compréhension des modes de transmission des EST et pour l’efficacité de la prophylaxie sanitaire.