Une synthèse des analyses de la recherche et de l'innovation dans l'agriculture est proposée ici en mettant en parallèle les changements des secteurs agricoles et agro-alimentaires d'un côté, et l'évolution des analyses économiques de l'autre. Un premier ensemble de contributions, développées à partir des années 60, traite du rôle de l'innovation dans l'évolution de l'agriculture. Dans cette partie, les travaux d'économistes américains portent essentiellement sur l'analyse de la productivité, alors que les travaux menés en France analysent plus particulièrement la transformation des systèmes de production et des relations sociales dans le milieu agricole. Le deuxième ensemble de contributions, développées à partir du milieu des années 80, analyse en particulier le processus de conception et de mise en place de l'innovation dans le système économique. De telles approches se justifient plus particulièrement compte tenu de l'évolution des chaînes de transformation, et de l'accent mis sur la qualité des produits. Au final, ces changements nécessitent une transformation des institutions de recherche pour que celles-ci jouent pleinement leur rôle dans un modèle où l'innovation résulte d'interactions entre des acteurs multiples.