En France, les Agences de l'eau sont chargées de la gestion des ressources en eau ; elles perçoivent des redevances assises sur la consommation et la pollution de l'eau, et incitent financièrement les collectivités locales et les industriels à investir dans l'épuration. Cet article présente une analyse de la régulation de la pollution industrielle par les agences. On montre que les problèmes d'information sont essentiels dans cette analyse, les relations contractuelles entre les Agences de l'eau et les industriels étant des instruments privilégiés de la politique de protection de l'environnement. Ceci est particulièrement vrai lorsque les taxes sur les rejets sont faibles par rapport au niveau optimal (pigouvien). Des modèles de type "Principal-Agent" sont construits et testés sur les données de la période 1985-1990. La méthodologie développée pourrait être appliquée au cas des pollutions agricoles.