Ce projet de thèse considère une plante adventice particulièrement problématique : l’Ambroisie à feuilles d’armoise (Ambrosia artemisiifolia), une espèce impactant à la fois la production agricole et la santé publique (pollen très allergisant et allergénique). Les inhibiteurs de l’acétolactate synthase (ALS), une famille d’herbicides, représentent aujourd’hui le levier le plus efficace pour le contrôle de cette adventice dans les parcelles agricoles. Cependant, des résistances à ces herbicides ont été identifiées chez l’Ambroisie, entrainant des échecs de traitements. Les données disponibles montrent la présence de résistance liée à la cible (mutations structurales de l’ALS), mais l’essentiel de la résistance identifiée semble dû à des mécanismes non liés à la cible (modifications de la régulation, ou des effecteurs, du métabolisme secondaire). L’objectif de cette thèse est de caractériser ces mécanismes de résistance en identifiant leurs déterminants génétiques, puis de développer et valider des outils moléculaires permettant un diagnostic rapide des résistances de ce type, et ainsi d’optimiser le contrôle des populations d’Ambroisie au champ. Le projet met en oeuvre une combinaison de techniques allant de la caractérisation biologique de plantes (tests de sensibilité) au déploiement d’approches de transcriptomique (RNA-seq, comparatif entre plantes résistantes et sensibles). Une fois les mutations en cause dans la résistance identifiée, les techniques de séquençage de nouvelle génération seront utilisées pour développer des méthodes moléculaires de diagnostic « à haut débit » de la résistance.