The Mille Gallus genomes project: how to share sequence data in order to better exploit them
Le projet mille génomes gallus : comment partager les données de séquences pour mieux les utiliser
Résumé
The Mille Gallus genomes project aims at gathering whole genome sequence data in chicken, produced by research teams as well as breeding companies, on the model of the Mille Bull genomes project. The main interest is to increase the power of analyses by increasing the number of genomes to compare. Applications are to improve the knowledge of the chicken genome, to characterize with a high accuracy the genetic diversity at the species level, to facilitate the identification of causal mutations and to provide support to genomic selection by facilitating imputation of sequence data from SNP data. A pilot project has started in France with the collection of 207 individual genome sequences produced by eight publicly funded projects on a range of chicken populations (fastgrowing and slow-growing broilers, layers, local breeds, wild ancestors). Data sets are described by technical metadata and by metadata on the animal and its population of origin. Phenotypic data are not shared. The SIGENAE team has aligned all sequences on the GalGal5 reference genome and used a common pipeline for SNP calling. More than 42 millions SNP were identified. A structure analysis led to group the 207 individuals in seven genetic clusters. The analysis of SNP in the coding sequence of the MC1R gene showed a selection signature in the brown-egg layers related to red plumage. Other analysis are planned, including detection of structural variants. On-going projects in Europe and feedback from international teams led to think that the target of Mille genomes can be reached quickly. The principles of a future consortium agreement are presented
Le séquençage du génome entier est maintenant utilisé dans de nombreux projets de recherche sur le poulet. Le projet Mille Génomes Gallus s’inspire du projet Mille Génomes Bovins et a pour objectif de rassembler les séquences du génome entier d’animaux du genre Gallus, produites par les équipes de recherche et les entreprises de sélection. L’intérêt est d’augmenter la puissance des analyses en augmentant le nombre de génomes comparés. Les applications concernent l’analyse de la structure du génome, la caractérisation globale de la diversité de l’espèce, l’identification de mutations causales et l’aide à la sélection génomique. Cette synthèse décrit d’abord le contexte de la génomique du poulet avant de développer le concept du projet Mille Génomes, de l’illustrer avec un projet pilote utilisant les données produites par des équipes françaises et de discuter les modalités de son extension. Le projet pilote français regroupe 207 séquences individuelles issues de 8 projets de recherches financés par des fonds publics, sur une large gamme de populations (poulets de chair, poules pondeuses, races locales, ancêtres sauvages). Les jeux de données sont décrits par des métadonnées techniques et des métadonnées liées à l’animal et sa population d’origine. Aucune information phénotypique n’est partagée. L’équipe SIGENAE a aligné l’ensemble des séquences sur la version 5 du génome de référence et a répertorié plus 40 millions de variants SNP. L’analyse de structure des populations regroupe les 207 individus en sept groupes génétiques. L’étude des SNP du gène MC1R montre une signature de sélection chez les pondeuses de plumage rouge. D’autres analyses sont prévues, notamment pour les variants structuraux. Les projets en cours en Europe et les contacts pris avec des équipes étrangères laissent penser que la cible de Mille Génomes peut être atteinte rapidement. Les principes d’un futur accord de consortium sont exposés.