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Communication dans un congrès

Fat&MuscleDB: A database to understand tissue growth processes contributing to body or muscle composition

Résumé : Afin de minimiser les efforts de recherches inutiles par une meilleure utilisation des données disponibles, nous vous présentons une base de données en ligne pourvue d’un outil d’agrégation de données appelée Fat&MuscleDB. La génomique utilisée pour comprendre les mécanismes de la croissance des tissus musculaires et adipeux a généré une énorme quantité de données disponibles dans des revues et des bases de données. Malheureusement, ces données sont dispersées sur l'Internet dans un format hétérogène. Ainsi, il est difficile de les exploiter efficacement. Nous émettons l'hypothèse que ces données peuvent permettre d'identifier des gènes ou des protéines impliqués dans le développement des tissus adipeux et musculaires contribuant à la composition corporelle ou musculaire, deux critères clés de la qualité des carcasses et des viandes chez les ruminants. Actuellement, Fat&MuscleDB contient des données d'expression génique et des données d'abondance différentielle extraites d'environ 100 publications et 75 ensembles de données de GEO. Pour interroger, visualiser et télécharger ces données les outils proposés sont : la visualisation des données par référence, la recherche de transcrits ou de protéines dans les références et l'agrégation de données basée sur des critères de croissances adipeuse et musculaire. La fonction d'agrégation de Fat&MuscleDB est illustrée à travers deux questions: ''Quelles sont les protéines sécrétées par les muscles?'' et ''Quels sont les transcrits et les protéines impliqués dans la croissance du tissu musculaire en fonction des origines génétiques des bovins?''.
Type de document :
Communication dans un congrès
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https://hal.inrae.fr/hal-02739407
Déposant : Migration Prodinra <>
Soumis le : mardi 2 juin 2020 - 21:54:59
Dernière modification le : mercredi 27 janvier 2021 - 11:02:12
Archivage à long terme le : : vendredi 4 décembre 2020 - 21:25:43

Fichiers

JOBIM2015_submission_73_1.pdf
Fichiers produits par l'(les) auteur(s)

Identifiants

  • HAL Id : hal-02739407, version 1
  • PRODINRA : 355189

Collections

Citation

Jérémy Tournayre, Isabelle Cassar-Malek, Matthieu Reichstadt, Brigitte Picard, Nicolas Kaspric, et al.. Fat&MuscleDB: A database to understand tissue growth processes contributing to body or muscle composition. JOBIM 2015 - Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques, Jul 2015, Clermont-Ferrand, France. ⟨hal-02739407⟩

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