Les produits phytopharmaceutiques (ou pesticides) utilisés aujourd'hui en agriculture sont pointés du doigt pour leurs impacts potentiels sur l’environnement et les écosystèmes et pour les risques qu’ils sont susceptibles d’engendrer pour la santé animale et humaine (Inserm, 2013). Les objectifs majeurs de la thèse sont d’isoler et identifier des microorganismes pathogènes des adventices, et d’acquérir des connaissances sur les mécanismes de l'interaction plante adventicemicroorganismes dans le cadre du développement de bioherbicides pour contrôler les adventices. Outre une analyse bibliographique sur l'état des connaissances relatif aux interactions adventicesmicroorganismes, le travail de thèse sera structuré selon 2 axes: - Identification de microorganismes à action herbicide. Après prospection et collecte d'adventices symptomatiques, la diversité des microorganismes endophytes sera évaluée par une approche moléculaire. En parallèle, des microorganismes associés aux symptômes seront isolés, purifiés, identifiés et testés pour leur aptitude à provoquer des symptômes sur l’hôte d’isolement pour vérifier les Postulats de Koch. La virulence des microorganismes pathogènes identifiés sera testée sur un panel d'adventices et de cultures afin de caractériser le spectre d'hôtes et la sélectivité de ces isolats. - Caractérisation du mode d'action conduisant à la mort de l'adventice. Une approche de transcriptomique (type RNAseq) sera réalisée à partir de l'ARNr microbien extrait de l'interaction microorganisme-plante puis amplifié et séquencé afin d'identifier les métabolites pour lesquels codent les gènes exprimés. Le sujet de thèse repose sur la collaboration entre l’UMR Agroécologie et la société De Sangosse.