New tools and workflows on W4M, the Galaxy metabolomic infrastructure - INRAE - Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement
Poster De Conférence Année : 2015

New tools and workflows on W4M, the Galaxy metabolomic infrastructure

Marion Landi
  • Fonction : Auteur
Unité de Nutrition Humaine
Claire Lopez
  • Fonction : Auteur
Unité de Nutrition Humaine
Marie Tremblay-Franco
MetaToul AXIOM
Cécile Canlet
MetaToul AXIOM
Yann Guitton
Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires
CV
Daniel Jacob
Biologie du fruit et pathologie
CV
Gildas Le Corguillé
  • Fonction : Auteur
  • PersonId : 881105
ABiMS - Informatique et bioinformatique = Analysis and Bioinformatics for Marine Science
Jean-Francois Martin
  • Fonction : Auteur
MetaToul AXIOM
Misharl Monsoor
  • Fonction : Auteur
ABiMS - Informatique et bioinformatique = Analysis and Bioinformatics for Marine Science
Nils Paulhe
Unité de Nutrition Humaine
CV
Mélanie Pétéra
Unité de Nutrition Humaine
CV
Camille Vacquie
  • Fonction : Auteur
ABiMS - Informatique et bioinformatique = Analysis and Bioinformatics for Marine Science
Franck Giacomoni
Unité de Nutrition Humaine
Estelle Pujos-Guillot
Unité de Nutrition Humaine
CV
Christophe Caron
  • Fonction : Auteur
ABiMS - Informatique et bioinformatique = Analysis and Bioinformatics for Marine Science
Etienne Thévenot
Laboratoire d'analyse des données et d'intelligence des systèmes (CEA, LIST)
CV

Résumé

New and innovative modules dedicated to 1D NMR spectra processing have been developed and integrated in Galaxy. These tools are focused on NMR specific process, such as construction of a binned data from spectra (bucketing), several normalisation methods, and annotation. This work within Galaxy has opened the door to the possibility of creating workflows including all the data treatment steps in metabolomic for each analytical technique.

Domaines

Bio-informatique [q-bio.QM] Génomique, Transcriptomique et Protéomique [q-bio.GN]
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Soumis le : jeudi 30 septembre 2021-15:23:10

Dernière modification le : lundi 16 décembre 2024-17:00:03

Archivage à long terme le : vendredi 31 décembre 2021-21:13:18

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Dates et versions

hal-02743697 , version 1 (30-09-2021)

Identifiants

  • HAL Id : hal-02743697 , version 1
  • PRODINRA : 322062

Citer

Marion Landi, Claire Lopez, Marie Tremblay-Franco, Cécile Canlet, Yann Guitton, et al.. New tools and workflows on W4M, the Galaxy metabolomic infrastructure. 9e Journées scientifiques du RFMF, Jun 2015, Lille, France. , 2015. ⟨hal-02743697⟩

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