Flavobacterium psychrophilum est une bactérie pathogène responsable de la flavobactériose d’eau froide et de perte économique importante dans les élevages de truite arc en ciel en France. Deux échantillons de populations d’isolats de F. psychrophilum ont été étudiés, un représentant des isolats cliniques provenant de l’arc atlantique 1 et un second représentant des isolats non cliniques provenant d’un même bassin versant en Bretagne. Deux techniques, la MLST (Multi Locus Sequence Type)1, 2 et la PFGE (Pulse Field Gel Electrophoresis) ont été utilisées. Sur les deux échantillons étudiés, la technique PFGE montre une grande variabilité des deux populations d’isolats bactériens. Le nombre de pulsotypes obtenu étant important, il est intéressant de travailler par regroupement en cluster (similarité > 80% entre pulsotypes). La technique MLST montre un niveau de diversité plus important sur l’échantillon d’isolats non cliniques provenant d’un même bassin versant avec un indice de Simpson de 0,84 contre 0,43 pour les isolats cliniques. Cette variabilité semble plus du aux mutations qu’à la recombinaison, fréquemment associée à cette bactérie en terme de générateur de diversité. La variabilité observée sur l’échantillon représentant les isolats non cliniques et probablement en lien avec le portage par les poissons de souches de F. psychrophilum « environnementales » et non liées à un type pathogène ou au complexe clonal précédemment décrit pour les isolats cliniques 1, 2. La technique MLST semble plus pertinente pour étudier les populations de F. psychrophilum et pour déterminer l’origine d’isolats.