Si une bonne partie des microorganismes présents dans l'atmosphère provient des surfaces terrestres, seules quelques rares tentatives de mesure de leur flux d'émission ont été effectuées; on ignore ainsi presque tout des quantités de microorganismes échangées entre surface et atmosphère, et a fortiori des mécanismes responsables de ces flux. Ce manque est dû à la difficulté de l'entreprise : (i) aucun capteur rapide de concentration n'existant pour ce type d'aérosols, la méthode de référence, celle des « covariances turbulentes >>, ne peut être utilisée ; (ii) la méthode « du gradient >>, où l'on estime le flux à partir de la différence de concentration moyenne entre deux altitudes, n'est applicable que sur des sites << idéaux >>. Une alternative potentielle réside dans la méthode REA, ou « relaxed-eddy accumulation », précédemment développée pour des espèces dont seules des mesures lentes de concentration sont possibles ; elle consiste à mesurer une différence de concentration moyenne entre deux échantillons d'air prélevés pendant des périodes où la vitesse verticale de l'air est soit positive (mouvement ascendant),soit négative (descendant). Nous étudions ici la possibilité d'adapter cette méthode à la mesure du flux d'émission bactérienne au-dessus de surfaces végétales. Après une présentation de son principe et de ses conditions d'utilisation, nous décrivons un prototype de système en cours de développement. Ce dernier a été testé et amélioré lors de quatre campagnes de mesures au champ pendant lesquelles plusieurs capteurs de particules ont été évalués (impacteurs réels et virtuels, filtres). Les résultats obtenus sont encourageants et leur analyse permet de proposer des voies d'amélioration du système