Les avancées technologiques de la biologie génèrent actuellement le recueil en masse de données qui permettent de décrire plus finement les grandes fonctions du vivant. Ces données participent à une connaissance approfondie des caractéristiques (traits) de chaque individu, c'est-à-dire de son phénome, résultat de la régulation de l’expression de son génome. La caractérisation de chaque phénotype implique un traitement informatique des données qui a révélé l’urgence de disposer d’un langage standardisé définissant sans ambiguïté les traits auxquels pourront se référer des utilisateurs très variés (généticiens, physiologistes, biochimistes, producteurs…). L’élaboration de ce langage a recours aux ontologies, ensembles structurés de termes et concepts qui s’adressent à un champ défini d’informations organisées pour répondre aux besoins des utilisateurs. Aujourd’hui, aucune de ces ontologies n’est spécifiquement dédiée aux traits phénotypiques des animaux d’élevage : poissons, volailles, mammifères. Face à cet enjeu, l’INRA en collaboration avec l’USDA a mis en place un programme nommé ATOL (pour « Animal Trait Ontology for Livestock») visant à définir et à organiser les caractères phénotypiques des animaux d’élevage. Ces caractères sont ceux relatifs aux fonctions et aux productions d’intérêt associées : nutrition et efficacité alimentaire, croissance et production de viande, glande mammaire et production de lait, système de reproduction et oeuf et ceux intégrant des préoccupations sociétales : bien-être des animaux d’élevage dans leur environnement. Le domaine « glande mammaire et production de lait » comprend deux sous-parties : l’une sur la glande mammaire avec des traits correspondant à sa morphologie et sa physiologie, l’autre sur le lait et le colostrum avec des traits correspondant à la production, la composition, aux propriétés physiques et sensorielles. ATOL devrait aider à établir des relations génotype/phénotype plus précises et à associer un phénotype à chaque allèle, en cernant mieux la variabilité liée à la plasticité physiologique et aux marques épigénétiques induites par le contexte environnemental. Cette démarche devrait ouvrir alors la voie à une approche systémique prenant en compte l’animal dans son environnement, son fonctionnement et ses mécanismes de régulation et non plus seulement une approche multicritère de la sélection animale.