Afin d’évaluer l’efficacité des méthodes bioinformatiques visant à détecter des codons soumis à sélection positive à l’aide du ratio entre les taux de substitution non synonymes et synonymes (logiciels PAML [Yang et al. 2000] et HyPhy [Kosakovsky Pond and Frost 2005]), nous les avons appliquées à la région codant pour la capside du virus Y de la pomme de terre (PVY; genre Potyvirus, famille Potyviridae). Pour l’un des clades de PVY (clade "N"), les 25ème et 68ème codons de la région codant pour la capside ont été ainsi détectés. A chacune de ces positions, la mutation la plus fréquemment observée chez les isolats de PVY a été introduite dans un clone infectieux de PVY. La mutation introduite en position 25 (asparagine mutée en isoleucine) a augmenté la compétitivité du PVY par rapport au virus d’origine chez le tabac mais a diminué sa compétitivité chez la pomme de terre. La mutation introduite en position 68 (acide glutamique muté en lysine) a augmenté l’efficacité de transmission du PVY par puceron (Myzus persicae et Aphis gossypii) mais a diminué sa compétitivité chez la pomme de terre. Ces résultats suggèrent que les méthodes bioinformatiques appliquées sont particulièrement efficaces pour détecter des mutations impliquées dans de tels compromis adaptatifs