Les sols constituent un réservoir important de biodiversité microbienne. Parmi ces microorganismes, certains sont capables d’interactions avec l’Homme (commensalisme) ou d’induire des pathologies (maladies infectieuses aigues ou chroniques). De plus, les bactéries du sol constituent un réservoir important de gènes de résistance aux antibiotiques. Les activités agricoles comme l’élevage et le recyclage de produits résiduaires organiques dans les sols peuvent constituer une source de bactéries pathogènes, résistantes aux antibiotiques ou commensales de l’Homme. Ces pratiques agricoles, qui sont en constante évolution, doivent donc aussi être évaluées en termes de risque sanitaire sur le long terme. Les réservoirs environnementaux potentiels (sols, eau, animaux …) pour ces populations bactériennes doivent donc être définis et analysés ainsi que la circulation de ces populations bactériennes entre ces différents compartiments. De nombreux facteurs environnementaux influencent le devenir et la circulation de ces populations bactériennes pathogènes ou commensales dans l’environnement. Parmi les facteurs abiotiques on peut citer les caractéristiques pédologiques des sols (physico-chimie), le climat (température, flux hydriques …), ces facteurs présentent des variations importantes (évolution/dégradation de certains sols, changement climatique). Les facteurs biotiques tels que la structure et la diversité des communautés microbiennes (au travers de phénomènes d’antibiose, de compétition trophique et de communication cellulaire) peuvent également être déterminants dans la survie des pathogènes dans l’environnement. La maîtrise du risque sanitaire nécessite une approche intégrée impliquant à la fois des méthodes d’écologie microbienne et des méthodes d’études des mécanismes cellulaires et moléculaires impliqués dans l’adaptation de ces bactéries aux conditions environnementales.