Avec les récentes avancées méthodologiques en biologie moléculaire, les connaissances sur la diversité à la fois structurelle et fonctionnelle des communautés bactériennes dans les écosystèmes lacustres ont considérablement augmenté. Cependant, alors que la majorité de ces études étaient réalisées sur les groupes bactériens les plus représentés (Actino- et Protéo-bactéries), peu d’informations restent disponibles sur la dynamique et le rôle des groupes les moins abondants comme les Planctomycetes. Dans cette étude, deux approches (DGGE et clonage-séquençage) ont été utilisées pour caractériser la dynamique spatiale et temporelle des Planctomycetes dans deux lacs péri-alpins de niveaux trophiques contrastés. Les Planctomycetes présentaient une dynamique très similaire à celle des groupes bactériens dominants caractérisée par une plus forte diversité dans l’hypolimnion et une évolution temporelle beaucoup plus marquée dans les eaux de surface. Le pH s’est révélé être la variable environnementale la plus déterminante dans le contrôle de la richesse et de la diversité des Planctomycetes. De plus, alors que le pH et la température représentaient les deux principaux facteurs contrôlant l’évolution de la composition des Planctomycetes, la disponibilité en nutriments ainsi que le rapport DIN:DIP semblaient être également déterminant dans la présence et l’évolution des proportions relatives de certains OTUs. Ces résultats ont donc montré que les groupes bactériens « non-dominants » comme les Planctomycetes, très peu considérés jusqu’ici, pouvaient présenter une dynamique saisonnière très importante dans les écosystèmes lacustres tant en terme de composition que de diversité. Ceci suggère un rôle fonctionnel important de ces communautés dans les lacs susceptible de varier tant dans l’espace que dans le temps.