L'écosystème caecal est un élément clé de la physiologie digestive du lapin, tant du point de vue de sa santé digestive que du point de vue de l'efficacité de sa digestion. Cet écosystème digestif, correspondant à l’association d’un biotope (le milieu caecal et l'organe) et d’une biocénose (la microflore caecale), est très complexe et son fonctionnement demeure encore mal connu. Cette synthèse résumera d'abord les données concernant le biotope caecal et ses caractéristiques physicochimiques, qui ont fait l'objet d'assez nombreuses études. Nos connaissances sur la biocénose caecale, obtenues par les méthodes classiques de culture seront ensuite présentées, puis celles obtenues récemment à l'aide des nouveaux outils de la microbiologie moléculaire. Enfin, cette revue décrira les effets des principaux nutriments et de quelques stratégies d'alimentation sur le fonctionnement de cet écosystème, et les interactions avec la santé digestive du lapereau.