Notre travail débute par une analyse bibliographique récente où sont pointées les incertitudes liées principalement aux effets des apports de déjections animales et aux retournements des couverts prairiaux sur les pertes nitriques. Pour instruire les effets de l'agriculture biologique sur la qualité des eaux infiltrées, nous avons construit un ensemble méthodologique, et appliqué ce dernier en situations de polyculture-élevage de l'Est français. Cet ensemble méthodologique comprend : (i) une typologie des systèmes de culture et des milieux permettant une mise en place raisonnée de sites de mesure in situ des qualités d'eau, en parcelles conduites comme ils le souhaitent par des agriculteurs biologiques, (ii) une calibration en cours de modèles agronomiques et hydrologiques aux situations biologiques grâce aux informations issues des sites à bougies poreuses (voir ci-dessous), (iii) une mise en observation de bassins d'alimentation où l'agriculture biologique est fort présente (couverts végétaux, pratiques agricoles, débit et qualités des eaux émises). Les mesures disponibles sous les sites à bougies poreuses nous permettent : (i) de montrer que les pertes nitriques peuvent atteindre de très faibles valeurs (11mg/l sous parcs à vaches, et 8mg/l sous près de fauche), (ii) de pointer une difficulté : les pics de concentration qui suivent les retournements de prairies temporaires. A la suite d'une modélisation empirique, mobilisant ces données parcellaires et l'assolement au niveau d'une exploitation de polyculture-élevage en agriculture biologique, nous montrons que les moyennes s'établissent proches de 25 de nitrate, dont 15 sont dus aux seuls retournements de prairies temporaires. Nous sommes donc face à des résultats très intéressants pour les gestionnaires de l'eau. La mise en suivi de bassins d'alimentation fortement couverts par des parcelles d'agriculture biologique complète le dispositif. L'étape en cours vise à mobiliser les données recueillies en parcelles équipées de bougies poreuses pour calibrer les modèles STICS et Agriflux.