L'objectif de papier est de montrer les différences statistiques fondamentales qui séparent la planification expérimentale classique et celle dans le cadre de la détection de gènes majeurs ou de QTL. On montre en particulier la non défini-positivité de la matrice d'information et les problèmes qui en découlent. On propose quelques résultats théoriques pour résoudre ce problème et on en montre les limites.