La sélection artificielle appliquée au niveau des communautés est un sujet grandissant à l’interface de l’écologie et de l’évolution. Son implémentation relativement récente à l’écologie microbienne s’avère prometteuse non seulement en termes de connaissance fondamentale sur le principe de sélection en luimême, mais aussi en termes de potentiel d’application, notamment en bioremédiation et en agroécologie.Nous avons utilisé l’évolution expérimentale afin de sélectionner artificiellement des communautés microbiennes rhyzosphériques induisant des changements phénotypiques chez leurs hôtes. Durant dix générations consécutives, nous avons fait pousser plusieurs lignées de Brachypodium distachon (>2200) inoculés successivement par des communautés microbiennes sélectionnées artificiellement à partir de la génération antérieure. En comparaison d’un témoin aléatoire, nous avons sélectionnés respectivement pour une augmentation et une baisse du prélèvement en azote des plantes en fonction de la couleur des feuilles via une plateforme de phénotypage semi-automatique. Une étape ultime consistant à tester la transférabilité de ces propriétés à d’autres espèces de plantes (maïs, avoine, blé) et d’autres sols (sableux, argileux) a été réalisé.Le séquençage de marqueurs taxonomiques bactériens et fongiques (ARNr 16S et ITS2) ont montré une réponse rapide des communautés à la sélection, corrélant avec un changement significatif des traits de plantes mesurés. Malgré une réponse plus forte des champignons, la corrélation entre structure de communauté et traits de plante est plus marquée avec les bactéries. La transférabilité à d’autres espèces de plantes n’a pas fonctionné, révélant que l’effet sélectionné est espèce-dépendant. Cependant, nous avons pu reproduire l’effet sur Brachypodium distachyon dans un autre sol, révélant un transfert possible dans un contexte abiotique différent. Même si la sélection artificielle de communautés microbienne reste complexe dans son appréhension, nos résultats montrent qu’elle est néanmoins rapide et efficace, avec un certain degré de reproductibilité et de transférabilité, ouvrant ainsi une nouvelle voie prometteuse pour manipuler le phénotype des plantes.