L'anaplasmose granulocytaire, est une maladie émergente qui infecte une large gamme de mammifères dont les ruminants et l'homme. Cette maladie est due à une bactérie, Anaplasma phagocytophilum, transmise par les tiques. La description des cycles épidémiologiques de cette bactérie est incomplète, car si on trouve de nombreuses espèces participent au même cycle épidémiologique. Les chevreuils et les rongeurs sont souvent suspectés d'être des hôtes réservoir, du fait des fortes prévalences observées dans leurs populations (jusqu'à 25 % d'individus infectés chez les campagnols roussâtres et 80 % chez les chevreuils). L'objectif de ce travail était de caractériser la diversité génétique d'A. phagocytophilum chez différentes espèces d'hôtes, afin d'identifier les cycles épidémiologiques. Nous avons caractérisé la diversité génétique d'A. phagocytophilum sur 9 loci chez 120 animaux domestiques malades provenant de toute la France (104 bovins, 13 chevaux, 3 chiens) ainsi que 40 chevreuils. L'analyse phologénétique multi-loci nous a permis d'identifier trois groupes de génotypes infectant les bovins. Les deux principaux groupes incluent 98 % des génotypes bactériens trouvés chez les bovins et sont génétiquement distant de ceux observés chez les chevreuils. Un groupe de génotypes implique exclusivement les bovins, alors que le second contient des génotypes partagés par les bovins, les chevaux et les chiens. Le troisième groupe contient tous les génotypes de chevreuils et seulement trois génotypes de bovins. Nous n'avons pas observé de divergence géographique, les trois groupes de génotypes ont été observés simultanément dans le Doubs, le Finistère et les Côtes d'Armor. Bien que les rongeurs soient porteurs de la bactérie, nous n'avons pas réussi à obtenir les séquences, signifiant que les génotypes portés sont sans doute bien différents de ceux trouvés chez les bovins. Ces résultats suggèrent que les chevreuils et les rongeurs ne contribuent pas à la propagation d'A. phagocytophilum chez les animaux domestiques en France. Cette étude montre la complexité des cycles d'A. phagocytophilum, suggère que plusieurs réservoirs sont sans doute impliqués et souligne l'intérêt de l'utilisation des approches moléculaires