BreedWheat genotyping and phenotyping data in GnpIS information system
Résumé
BreedWheat project aims to support the competitiveness of the French wheat breeding sector, answering to societal challenges for a sustainable and quality production. Moreover, the BreedWheat project will characterize yet poorly exploited genetic resources to expand the diversity of the elite germplasm. Finally, new breeding methods will be developed and evaluated for their socioeconomic impact. In this frame, bioinformatics goals are (i) to establish and maintain a centralized repository of generated data,(ii) to support user requirements for data query and facilitate large scale statistical analyses through an integrated system. URGI (Unité de Recherche en Génomique Info) is a genomics and bioinformatics research unit at INRA dedicated to plants and crop parasites. It develops and maintains a genomic and genetic Information System: GnpIS (Steinbach et al., Database 2013, doi:10.1093/database/bat058). In collaboration with the Biogemma biotechnology company, GnpIS was updated to manage and integrate genotyping and phenotyping data and new types of data such as GWAS and genomic selection. BreedWheat data already available in GnpIS are BreedWheat germplasm (collection of 5113 accessions), SNP discovery (724020 SNPs from 10 sources), genotyping (Affymetrix Axiom TaBW420K array) and phenotyping data (48000 plots in 21 locations): wheat-urgi.versailles.inra.fr/Projects/BreedWheat. Association and genomic selection data will be generated and integrated in the coming years.
Le projet BreedWheat a pour ambition de soutenir la compétivité de la filière française de sélection du blé en répondant aux enjeux de société pour une production durable et de qualité. Ce projet permettra de développer de nouvelles méthodologies de sélection et utilisera des ressources génétiques inexploitées pour identifier et combiner des allèles d'intérêts pour de nouvelles variétés plus performantes dans des conditions de cultures respectueuses de l'environnement et adaptées au changement climatique. Les objectifs en bioinformatique sont (i) de mettre en place et maintenir un système de gestion centralisé des données du projet BreedWheat, (ii) de développer une interface utilisateur pour l'exploitation de ces données et de permettre leurs analyses statistiques à grande échelle grâce à un système intégré. L'URGI (Unité de Recherche en Génomique Info) est une unité de recherche INRA en génomique et bioinformatique dédiée aux plantes et leurs parasites. Elle développe et maintient un système d'information en génomique et génétique : GnpIS (Steinbach et al., Database 2013, doi:10.1093/database/bat058). En collaboration avec la société de biotechnologies Biogemma, nous avons fait évoluer GnpIS pour intégrer les données de génotypage et de phénotypage du projet, ainsi que de nouveaux types de données (ex. GWAS, sélection génomique). Les données BreedWheat déjà disponibles dans GnpIS sont les ressources génétiques (collection de 5113 accessions), les polymorphismes (724020 SNPs provenant de 10 sources), le génotypage (Affymetrix Axiom TaBW420K array) et le phénotypage (48000 micro-parcelles dans 21 lieux) : http://wheat- urgi.versailles.inra.fr/Projects/BreedWheat. Les données d'association et de sélection génomique seront générées et intégrées dans les prochaines années.
| Origine | Fichiers produits par l'(les) auteur(s) |
|---|