L'analyse protéomique par spectrométrie de masse de type shotgun conduit parfois à l'identification de peptides partiellement tryptiques lorsque l'enzyme protéolytique utilisée est la trypsine. Ces peptides dits semi-tryptiques peuvent avoir plusieurs origines. Ils peuvent notamment résulter d'une fragmentation in-source liée à l'énergie de désolvation/activation à l'interface de la source d'ionisation. Dans ce cas, le temps d'élution des peptides semi-tryptiques est le même que celui du peptide parent et est significativement différent du temps de rétention prédit. Un autre cas pouvant expliquer l'origine des peptides semi-tryptiques serait la présence de protéases endogènes dans les échantillons. Par ailleurs, la présence de chymotrypsine contaminante ou l'autolyse partielle de la trypsine en pseudo-trypsine pourrait également générer des peptides semi-tryptiques. Cependant, cette possibilité peut largement être réduite par l'utilisation de trypsine dé-méthylée. En comparant des échantillons de plusieurs origines biologiques analysés par spectrométrie de masse dans les mêmes conditions (protéolytiques et instrumentales), un taux important de peptides semi-tryptiques a été observé dans un échantillon de graine de Brachypodium distachyon, plante utilisée dans la recherche comme modèle du blé. Ces semi-tryptiques pourraient résulter d'une activité protéasique endogène. La graine étant un organe de réserve, les protéases qu'elle renferme lui permettent de mobiliser ses réserves au moment de la germination. L'identification des peptides semi-tryptiques à partir des spectres de masse est possible avec le programme X!Tandem, notamment par son mode « refine ». Dans l'utilisation courante de ce programme, l'identification d'une protéine est validée en imposant la présence d'au moins deux peptides qui lui sont spécifiques et dont la p-value est inférieure à un certain seuil de confiance. Nous explorons dans quelle mesure ces paramètres usuels et l'abondance de peptides semi-tryptiques influencent la composition obtenue du protéome de la graine de Brachypodium.