, Emmanuelle Revardel, Maître de conférences
, stage de 6 semaines de mai à juillet 2009, et stage de 9 semaines de décembre à février 2010) et 1 mois en juillet 2010 en main d'oeuvre occasionnelle (rémunération sur le contrat Angélique) : mise au point des marqueurs et génotypage chloroplastique
, titulaire d'un M2, en main d'ouvre occasionnelle, (rémunération sur le contrat Angélique) : mise au point des marqueurs, génotypage microsatellites nucléaires
, chargée de recherches INRA
, Ingénieur de Recherche INRA : mise au point des marqueurs, analyse des résultats
, Génomes et Spéciation (LEGS) : collaboration pour l'analyse des résultats
, Arlequin ver. 3.0 : An integrated software package for population genetics data analysis, Evolutionary Bioinformatics Online, vol.1, pp.47-50, 2005.
, Genetic structure of the endangered perennial plant Eryngium alpinum (Apiaceae) in an alpine valley, Biological Journal of the Linnean Society, vol.93, pp.667-677, 2008.
URL : https://hal.archives-ouvertes.fr/halsde-00277918
, Current trends in microsatellite genotyping, Molecular Ecology Resources, vol.11, pp.591-611, 2011.
URL : https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02652759
, Inference of population structure using multilocus genotype data, Genetics, vol.155, pp.945-959, 2000.
, A set of conserved PCR primers for the analysis of simple sequence repeat polymorphisms in chloroplast genomes of dicotyledonous angiosperms, Genome, vol.42, pp.9-19, 1999.
, Seuls les individus ayant un génotype complet ou une seule donnée manquante sur les huit marqueurs ont été pris en compte. La diversité génétique sur l'ensemble des huit marqueurs et sur l'ensemble des individus est assez élevée
, La répartition géographique et taxonomique des échantillons analysés est donnée sur la figure 1. Sont concernés les taxons suivants : Angelica heterocarpa, A. sylvestris, les confère (notés « A. cf heterocarpa » ou « A. cf sylvestris » en fonction de leur plus grande ressemblance avec l
, Cette méthode permet de grouper les individus d'un échantillon au sein de populations génétiquement homogènes sur la base de leur génotype et des fréquences alléliques et d'identifier d'éventuels hybrides. Elle est utilisée sans a priori, c'est-à-dire sans utiliser d'indications sur l'origine géographique des individus ni sur leur identification taxonomique, Nous avons effectué une analyse bayésienne, appropriée pour l'étude d'espèces sympatriques suspectées s'hybrider dans la nature, 2000.
, Une structuration en bassins versants
, Une approche hiérarchique a été effectuée pour analyser successivement la structure génétique : dans un premier temps, la structure a été étudiée sur l'ensemble du jeu de données pour identifier des groupes homogènes
, on observe une différenciation entre les individus des Pyrénées-Adour-Nive-Nivelle toutes espèces confondues et les populations plus au Nord
, les populations plus au Nord se différencient, avec d'une part une ensemble homogène des populations de la Loire
, A K= 4, la population de la Charente se différencie et les groupes Adour et Loire restent robustes
, Gironde et populations hors berge de Saucats et Biscarosse) reste très hétérogène. Les populations de la Dordogne se distinguent très légèrement de celles de la Garonne et de la Gironde
, En conclusion, il existe une structuration génétique entre bassins versants, avec une différenciation forte entre les populations Adour-Pyrénées et celles des bassins plus au Nord, pour lesquels il existe aussi une différenciation entre les bassins de la Loire, de la Charente, de la Seudre, et de l'ensemble Gironde-Dordogne-Garonne. Pour le bassin Gironde-Dordogne-Garonne, la structure est hétérogène, pouvant être interprétée comme résultant de flux de gènes avec les autres bassins, ou de sous-structures très locales (par exemple quelques allèles privés pour ds individus typés A
, Pour les autres groupes, nous n'avons pas pu réaliser cette étude car pour Loire, l'échantillonnage est composé uniquement d'A. heterocarpa, pour la Seudre uniquement des A. cf sylvestris, Dans un second temps, nous avons analysé la sous-structure pour deux groupes homogènes constitués de plusieurs taxons : les groupes de l
, A. razulii et A. sylvestris ssp bernardae et des individus classés « confère ». L' analyse (figure 3) révèle l'absence de sousstructure sur l'ensemble des taxons de l'aire bassin de l'Adour-Pyrénées : dans aucun cas nous ne pouvons distinguer les taxons sur la base de leur structure multilocus
, comporte des A. heterocarpa, des A. cf heterocarpa et des A. sylvestris. L'analyse (figure 4) révèle là aussi l'absence de sous-structure sur l
, Gironde est plus complexe du fait de l'hétérogénéité, mais ne semble pas non plus