Comment améliorer les capacités digestives du poulet par la sélection ? Pourquoi veut-on sélectionner des poulets sur leur capacité à digérer les aliments difficiles ? Les poulets sont nourris essentiellement à base de céréales, principalement le maïs et le blé. Si le maïs est facile à digérer, le blé, pourtant abondant en Europe, est plus difficile à digérer et entraîne une hétérogénéité importante des performances au sein d’un même groupe d’animaux. Aujourd’hui, être capable de digérer un aliment difficile devient d’autant plus important que l’on cherche à diversifier les sources de matières premières dans les régimes avicoles pour limiter la concurrence entre homme et animal pour l’accès aux céréales. Au-delà de la simple performance économique, des animaux qui digèrent mal leur aliment vont produire plus de rejets, qu’il va ensuite falloir traiter et épandre dans les champs. Nos recherches précédentes avaient montré que la capacité des poulets à digérer le blé était en partie contrôlée par la génétique, et que la sélection d’animaux efficaces réduisait fortement les rejets dans l’environnement. L’objectif de ce projet était d’aller rechercher les zones du génome impliquées dans le contrôle de ces caractères, afin de fournir aux sélectionneurs des outils plus précis pour améliorer les performances économiques et environnementales des poulets. Nous cherchons à détecter des QTL (Locus à Effet Quantitatif), des zones du génome contrôlant l’efficacité digestive Les QTL pour « Locus à effet quantitatif » sont des zones du génome impliquées dans le contrôle d’un ou de plusieurs caractères. Pour les détecter, nous mettons en relation les performances des animaux avec leur génotype, sur l’ensemble du génome. Afin de maximiser les chances de détecter ces zones, nous avons tout d’abord sélectionné pendant 8 générations deux groupes de poulets, soit pour une efficacité digestive élevée (D+), soit pour une efficacité digestive réduite (D-). Nous supposons donc que les allèles induisant une forte efficacité digestive (allèles “+”) sont présents chez les D+, alors que ceux qui réduisent cette efficacité (allèles “-”) sont présents chez les D-. Nous avons ensuite croisé ces deux groupes d’animaux, afin d’obtenir des animaux homozygotes “++” (à forte efficacité) ou “--” à faible efficacité, et des animaux hétérozygotes “+-” à efficacité intermédiaire. La mise en relation des performances avec les génotypes des animaux croisés a été réalisée sur 820 animaux sur lesquels nous avons mesuré différents paramètres d’efficacité digestive, de rejets et de performances. Ces animaux ont été génotypés à l’aide de 6000 marqueurs répartis tout le long du génome. Résultats majeurs du projet Au total, nous avons détecté 9 QTL contrôlant l’efficacité digestive, 11 pour les rejets, 19 pour les performances de croissance et de composition corporelle, 15 pour la consommation alimentaire, 14 pour l’efficacité alimentaire, 14 pour la composition du microbiote intestinal, 15 pour le comportement des animaux, 35 pour le métabolisme du phosphore et 61 pour l’anatomie du tube digestif. En général, ces QTL sont d’effet modéré, mais 18 d’entre eux sont plus fortement significatifs. Nous avons également effectué une recherche bio-informatique sur ces zones et mis en évidence une liste de gènes dont la fonction biologique est liée au caractère, et qui pourraient à terme être utilisés pour la sélection. Production scientifique et brevets depuis le début du projet Ce projet abouti à la publication de 2 articles scientifiques (sur le comportement des animaux et sur le microbiote des animaux) et à la soumission d’un 3ème.(sur les QTL d’efficacité digestive). D’autres publications scientifiques sont également en cours de préparation (sur les QTL des autres catégories de caractères mentionnées dans le paragraphe précédent). Les résultats ont en partie déjà été présentés lors de 5 congrès scientifiques et lors de 6 séminaires et congrès à destination des professionnels.