A small step into Galaxy, a faster pace for metabolomics. Galaxy and the metabolomics analysis Universe
Résumé
Facing the emergence of new technologies in the field of metabolomics, treatment solutions adopted so far (XCMS, R scripts, etc.) clearly show their limits. Bottlenecks affect unified access to core applications as well as computing infrastructure and storage. In the context of collaboration between metabolomics and bioinformatics platforms, we have developed a full pipeline using Galaxy framework for data analysis. This modular and extensible workflow includes existing components (XCMS functions, etc.) but also a whole suite of complementary statistical tools. This implementation is accessible through a web interface, which guarantees the parameters completeness. The advanced features of Galaxy have made possible the integration of components from different sources and of different types. Finally, an extensible environment is offered to the metabolomics community, and enables preconfigured workflows sharing for new users, but also experts in the field.
Face à l’arrivée de nouvelles technologies dans le domaine de la métabolomique, les solutions de traitements adoptées jusqu’à maintenant (XCMS, scripts R, etc.) montrent clairement des limites. Les verrous concernent aussi bien l’accessibilité unifiée aux applications métiers que les problèmes d’infrastructure de calcul ou de stockage. Dans le cadre d’une collaboration entre les plateformes INRA/PFEM et CNRS/ABiMS-METABOMER, nous avons développé sous Galaxy un pipeline complet d’analyse. Ce workflow modulaire et extensible, inclut des composants existant (fonctions XCMS, etc.) mais aussi toute une suite d’outils statistiques complémentaires. Cette implémentation, accessible au travers d’une interface web, garantie l’exhaustivité des paramètres. Les fonctionnalités avancées de Galaxy ont permis l’intégration de composants provenant de différentes sources et de nature différente. Au final, un premier environnement est proposé à la communauté métabolomique, et permet le partage de workflows préconfigurés à destination d’utilisateurs novices, mais aussi d’experts du domaine.