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Conference papers

Comparaison inter-espèces de voies métaboliques par mesure de similarité sémantique : Application au métabolisme des lipides chez le poulet, la souris et l'homme

Résumé : La connaissance et la maîtrise du métabolisme des lipides chez les animaux de rente sont des préoccupations majeures en agronomie. Elles représentent également un enjeu majeur de santé humaine compte-tenu des pathologies associées à ce métabolisme, dont l’obésité. Si le métabolisme des lipides, et par extension l’ensemble des métabolismes sont relativement bien conservés dans les espèces supérieures, qualifier et quantifier les similarités et différences s’avère néanmoins nécessaire, au-delà de la simple comparaison. Notre objectif est donc de développer une nouvelle méthode, basée sur les connaissances présentes dans les bases de données, pour automatiser la comparaison qualitative et quantitative de voies métaboliques de différentes espèces. Dus à leurs faibles niveaux de cohérence, de complétude, de compatibilité, voire d’accessibilité, plusieurs bases de données sont utilisées pour définir au mieux les voies métaboliques. D’un point de vue qualitatif, les étapes communes et spécifiques aux espèces sont alors définies. Les similarités et différences sont ensuite quantifiées en utilisant les lois d’inférence de Gene Ontology et les annotations associées aux gènes impliqués dans ces voies métaboliques. Les similarités sémantiques sont alors mesurées par notre nouvelle méthode, basée sur celle de Wang et implémentée dans l’outil GO2SIM. Cette méthode, en cours de développement, sera validée par différentes approches. La première vise à l’appliquer à des données simulées et parfaitement définies afin d’identifier les écarts à l’attendu et d’ajuster la méthode. Ensuite, à l’aide de l’outil GO2PUB (http://go2pub.genouest.org, Bettembourg et al.), les résultats pourront être confrontés aux données de la littérature. Enfin, sur quelques voies bien annotées et connues, les résultats obtenus automatiquement avec notre méthode pourront être comparés à ceux obtenus d’une expertise humaine. Au final, les voies métaboliques pourront être comparées entre différentes espèces, leurs différences et spécificités étant quantifiées, ouvrant ainsi le champ à une annotation fonctionnelle plus experte des résultats expérimentaux, et à meilleure intégration des données.
Document type :
Conference papers
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https://hal.inrae.fr/hal-02807223
Contributor : Migration Prodinra Connect in order to contact the contributor
Submitted on : Saturday, June 6, 2020 - 3:24:18 AM
Last modification on : Tuesday, October 19, 2021 - 11:58:54 PM

Identifiers

  • HAL Id : hal-02807223, version 1
  • PRODINRA : 268386

Citation

Charles Bettembourg, Olivier Dameron, Anita Burgun, Christian Diot. Comparaison inter-espèces de voies métaboliques par mesure de similarité sémantique : Application au métabolisme des lipides chez le poulet, la souris et l'homme. Ecole chercheurs en Biologie Intégrative et Génomique dans le Grand Ouest (BIGOU), Nov 2011, Auray, France. ⟨hal-02807223⟩

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