En utilisant les données de l'Enquête Annuelle d'Entreprise (EAE), nous évaluons l'évolution de la productivité de l'industrie agro-alimentaire française au cours de la période 1996-2006. Cette analyse est menée pour les 41 classes d'activité de cette industrie ainsi qu'à des niveaux supérieurs d'agrégation. En moyenne pour les IAA, sur la période 1996-2006, la productivité totale des facteurs a baissé de 0,44% par an. Cette moyenne cache des variations annuelles plus fortes. Dans l'ensemble, la productivité totale des facteurs a diminué sur la période 1997-2002 alors qu'elle stagne après 2002. Les baisses de productivité sont les plus fortes dans les secteurs de la viande et des "Autres IAA". Pour les secteurs "Lait", "Boissons" et "Grains", la productivité totale des facteurs varie peu en moyenne. Ces résultats globaux s'expliqueraient par l'importance des consommations intermédiaires (plus de 75% du chiffre d'affaires), par une difficulté à améliorer les rendements de conversion de celles-ci en produits finaux et par l'impact du renforcement des normes sanitaires ou environnementales. La prise en compte d'éventuelles économies d'échelle dans cette industrie ou la présence de concurrence imparfaite ne remettent pas en cause les résultats obtenus. Une partie de la baisse du prix des consommations intermédiaires a permis de financer la diminution de la productivité des IAA. L'autre partie a été transmise vers l'aval sous forme de baisse de prix de l'output. Enfin, sur une longue période, il semble que la productivité des IAA françaises ait évolué à un rythme comparable à celle des principaux pays de l'UE15.