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Reports

Identification du (des) gène(s) lié(s) au QTL contrôlant le rapport des concentrations fructose/glucose dans la pêche

Résumé : Un phénotype particulier de pêcher présentant des fruits déficitaires en fructose à été détecté dans une population interspécifique de pêcher (Prunus davidiana x Prunus persica). Ce phénotype particulier ce retrouve chez environ ¼ des individus de cette population (le reste de la population présentant des quantités de fructose habituellement rencontrées dans les pêches commerciales) et semble être contrôlé par un QTL cartographié sur le chromosome 1 du génome du pêcher. Nous avons tenté de déterminer le gène ou le groupe de gènes liés à ce QTL par une démarche dite de gène candidat. Les candidats positionnels on été recherché parmi les gènes annotés lors du séquençage du génome du pêcher (données disponibles depuis le 1er mai 2010). Des marqueurs microsatellite ont été défini pour réduire la taille de la portion du génome sensée contenir ce QTL afin de limiter le nombre de gènes candidats. Les gènes candidats fonctionnels ont été choisis parmi les gènes codant des enzymes du métabolisme du fructose avec l’appui d’analyses d’activités enzymatiques. La zone de présence du QTL initialement d’environ 1500kb à pu être réduite à une séquence de moins de 500kb contenant théoriquement 160 gènes environ. L’annotation actuelle de cette portion du génome ne comprend que 51 gènes. Un gène codant pour une phosphofructokinase pyrophosphate dépendante (PFP) à été identifié sur le chromosome 5. Bien que n’étant pas un candidat dans cette étude, il à été tenté d’étudier les séquences de ses différents allèles présents dans la population afin de déterminer son implication dans un différentiel d’activité enzymatique observé entre les deux phénotypes étudiés. L’annotation plus en détail des gènes présents au niveau du QTL et la recherche de candidats autre que des enzymes du métabolisme du fructose (transporteurs de sucre, protéines régulatrices…) semble une bonne voie pour orienter la suite des recherches.
Mots-clés : PECHER
Document type :
Reports
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https://hal.inrae.fr/hal-02818496
Contributor : Migration Prodinra <>
Submitted on : Saturday, June 6, 2020 - 3:47:40 PM
Last modification on : Thursday, December 3, 2020 - 4:46:04 PM

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46486_20110720034533733_1.pdf
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  • HAL Id : hal-02818496, version 1
  • PRODINRA : 46486

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Citation

Mathieu Cammas. Identification du (des) gène(s) lié(s) au QTL contrôlant le rapport des concentrations fructose/glucose dans la pêche. France. Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Villeurbanne, FRA. 2010, 27 p. ⟨hal-02818496⟩

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