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LD4X : un logiciel informatique pour tester le déséquilibre de liaison entre marqueurs chez des espèces autotétraploïdes

Résumé : L’autotétraploïdie est fréquente chez les espèces fourragères (Medicago sativa, Dactylis glomerata, Lotus corniculatus…) ainsi que chez d’autres espèces végétales. Le programme LD4X réalise un test exact de Fisher entre paires d’allèles de deux loci. Pour chaque paire d’allèles, un tableau de contingence 5x5 avec le dosage allélique allant de 0 à 4 pour chaque allèle est construit. Ensuite, un test exact de Fisher est réalisé pour tester l’écart à l’équilibre entre ces deux allèles, ce qui donne la probabilité de signification du test F. Toutes les combinaisons d’allèles des deux loci sont traitées. Si deux allèles d’une paire de loci ont une distribution non aléatoire, les deux marqueurs sont considérés liés.
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Logiciel
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https://hal.inrae.fr/hal-02823333
Déposant : Migration Prodinra <>
Soumis le : samedi 6 juin 2020 - 21:21:48
Dernière modification le : lundi 2 novembre 2020 - 09:22:02

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Bernadette Julier. LD4X : un logiciel informatique pour tester le déséquilibre de liaison entre marqueurs chez des espèces autotétraploïdes. 2009. ⟨hal-02823333⟩

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