LD4X: A program to test linkage disequilibrium between loci in autotetraploid species
LD4X : un logiciel informatique pour tester le déséquilibre de liaison entre marqueurs chez des espèces autotétraploïdes
Résumé
Autotetraploidy is frequent in forage species (Medicago sativa, Dactylis glomerata, Lotus corniculatus…) and other crops. LD4X program performs a Fisher exact test between pairs of alleles at two loci. For each pair of alleles, a contingency 5x5 table with the allelic dosage from 0 to 4 for each allele is built. Then a Fisher exact test is performed to test a departure from equilibrium between these two alleles, giving the probability of significance of the F test. All combinations of alleles from two loci are treated in turn. If two alleles of a pair of loci have a non-random distribution, the markers are considered as linked.
L’autotétraploïdie est fréquente chez les espèces fourragères (Medicago sativa, Dactylis glomerata, Lotus corniculatus…) ainsi que chez d’autres espèces végétales. Le programme LD4X réalise un test exact de Fisher entre paires d’allèles de deux loci. Pour chaque paire d’allèles, un tableau de contingence 5x5 avec le dosage allélique allant de 0 à 4 pour chaque allèle est construit. Ensuite, un test exact de Fisher est réalisé pour tester l’écart à l’équilibre entre ces deux allèles, ce qui donne la probabilité de signification du test F. Toutes les combinaisons d’allèles des deux loci sont traitées. Si deux allèles d’une paire de loci ont une distribution non aléatoire, les deux marqueurs sont considérés liés.