, Approaching a state shift in Earth's biosphere, Nature, vol.486, pp.52-58, 2012.
, Regime shifts, thresholds and multiple stable states in freshwater ecosystems; a critical appraisal of the evidence, Sci. Total Environ, vol.534, pp.122-130, 2015.
, Zooplankton provide early warnings of a regime shift in a whole lake manipulation, Limnol. Oceanogr, vol.58, pp.525-532, 2013.
, Assessing and managing freshwater ecosystems vulnerable to environmental change, Ambio, vol.43, pp.113-125, 2014.
, Resisting regime-shifts: the stabilising effect of compensatory processes, Trends Ecol. Evol, vol.30, pp.513-515, 2015.
, Living dangerously on borrowed time during slow, unrecognized regime shifts, Trends Ecol. Evol, vol.28, pp.149-155, 2013.
URL : https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02195152
, Evaluating early-warning indicators of critical transitions in natural aquatic ecosystems, Proc. Natl. Acad. Sci, vol.113, pp.8089-8095, 2016.
URL : https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01992806
, Resilience indicators: prospects and limitations for early warnings of regime shifts, Philos. Trans. R. Soc. Lond. B Biol. Sci, vol.370, 2015.
URL : https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02195043
, Early-warning signals for critical transitions, Nature, vol.461, pp.53-59, 2009.
URL : https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02195562
, Anticipating critical transitions, science, vol.338, pp.344-348, 2012.
URL : https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02195154
, What is the robustness of early warning signals to temporal aggregation?, Front. Ecol. Evol, vol.3, 2015.
URL : https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01211252
, Are rapid transitions between invasive and native species caused by alternative stable states, and does it matter?, Ecology, vol.94, pp.2207-2219, 2013.
, Early Warnings of Regime Shifts: A Whole-Ecosystem Experiment, Science, vol.332, pp.1079-1082, 2011.
, Cyanobacterial bloom termination: the disappearance of Planktothrix rubescens from Lake Bourget (France) after restoration, Freshw. Biol, vol.59, pp.2472-2487, 2014.
URL : https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02634181
, Etude comparative de trajectoires de restauration post-eutrophisation, Arch. Sci, vol.65, pp.191-208, 2012.
URL : https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02643962
, The need for ecological monitoring of freshwaters in a changing world: a case study of Lakes Annecy, Bourget, and Geneva, Environ. Monit. Assess, vol.186, pp.3455-3476, 2014.
URL : https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02639966
, Dynamique temporelle des communautés microbiennes eucaryotes en lien avec les forçages climatiques et anthropiques : approche paléolimnologique basée sur le séquençage massif d'ADN sédimentaire. , phdthesis, 2016.
, Seeking alternative stable states in a deep lake, Freshw. Biol, vol.63, pp.553-568, 2018.
URL : https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01878893
, Warming and oligotrophication cause shifts in freshwater phytoplankton communities, Glob. Change Biol, 2018.
, Long-term dynamics in microbial eukaryotes communities: a palaeolimnological view based on sedimentary DNA, Mol. Ecol, vol.25, pp.5925-5943, 2016.
URL : https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01568922
, Tracking a century of changes in microbial eukaryotic diversity in lakes driven by nutrient enrichment and climate warming: Long-term dynamics of microbial eukaryotes, Environ. Microbiol, vol.19, pp.2873-2892, 2017.
,
, , 2017.
, Methods for Detecting Early Warnings of Critical Transitions in Time Series Illustrated Using Simulated Ecological Data, PLoS ONE, vol.7, p.41010, 2012.
URL : https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01938653
, Slowing down as an early warning signal for abrupt climate change, Proc. Natl. Acad. Sci. 105, pp.14308-14312, 2008.
URL : https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02195167
, Early warning signals precede cyanobacterial blooms in multiple whole-lake experiments, Ecol. Monogr, vol.88, pp.188-203, 2018.
, Presence of Planktothrix sp. and cyanobacterial toxins in Lake Ammersee, Germany and their impact on whitefish, Coregonus lavaretus L.). Environ. Toxicol, vol.16, pp.483-488, 2001.
, Oral toxicity of the microcystin-containing cyanobacterium Planktothrix rubescens in European whitefish (Coregonus lavaretus), Aquat. Toxicol, vol.79, pp.31-40, 2006.
, Des résultats complémentaires
, Annexe 2-1: (a) Analyse en Composante Principale du phytoplancton ; inertie de l'axe 1 = 36 %, inertie de l'axe 2 = 23 % ; Abréviations visibles : plarub = Planktothrix rubescens, aphano = Aphanocapsa, rhodo = Rhodomonas, pselim = Pseudanabaena limnetica. (b) Analyse en Composante
, 31 %, inertie de l'axe 2 = 25 % ; Abréviations visibles : daphnia = Daphnies, cycvic = Cyclops vicinus, eudgra = Eudiaptomus gracilis, cycpre = Cyclops prealpinus, nauplii = Nauplii
, Annexe 1-4: Dynamiques temporelles des 13 espèces de zooplancton étudiées
, Annexe 2-2 : Densité du nombre de points de bascule au sein des deux communautés planctoniques, au cours du temps, selon les deux méthodes de calculs utilisées. (a) et (b) : communautés du phytoplancton
, (a) et (c) : selon la méthode d'entropie croisée ; (b) et (d) : selon les calculs de distance entre les données. Les dates indiquées sont les dates auxquelles le nombre de points de bascule a été le plus important, 2009.
, Annexe 2-3 : Variance et autocorrélation des données, calculées dans la série temporelle de la communauté du phytoplancton juste avant le point de bascule
, Annexe 2-6 : Abondances des cryptophycées, des picocyanobactéries et de Planktothrix rubescens, à 2, 10, 15, 20, 30 et 50 m de profondeur, Les comparaisons entre les échantillons regroupant les données antérieure à 2009 et ceux regroupant les données postérieure à 2009 ont été faites avec des test de Wilcoxon (* p valeur < 0, p.5
, , vol.001