Dans un contexte de changements environnementaux rapides, le suivi serré de populations de poissons de référence est un outil essentiel afin d’évaluer la santé des populations, leur potentiel d’adaptation à un environnement changeant et leur capacité de persistance à long terme. Ce type de suivi permet ultimement d’orienter les mesures de conservation et de gestion selon une optique prédictive, ce qui est primordial dans le cas d’espèces en déclin comme le saumon atlantique. Le présent rapport fait état des résultats des trois premières années du premier suivi génétique instauré pour le saumon atlantique au Québec. L’objectif de cette étude est d’évaluer l’état de santé génétique des populations de saumon atlantique au Québec et de développer des outils génétiques novateurs pour la gestion de cette espèce. Plus particulièrement, ce projet vise à déterminer les risques chez les petites populations concernant la perte de diversité génétique et la probabilité d’extinction. Il vise également à évaluer l’influence des ensemencements passés sur l’intégrité génétique des populations de saumon atlantique indigènes. L’évolution des caractéristiques génétiques de 10 populations modèles de saumon atlantique, provenant de 3 régions génétiques et géographiques distinctes, et ayant des tailles variables de même que des taux d’ensemencement d’intensités faibles à élevés, est suivie au Québec depuis 2010. Également, cinq d’entre elles sont analysées depuis 1958 à intervalles réguliers grâce à l’analyse des écailles historiques du ministère du Développement durable, de l’Environnement, de la Faune et des Parcs (MDDEFP). De façon générale, la diversité génétique des populations est relativement élevée et stable au cours de la période étudiée, soit de 1958 à 2012, bien qu’elle varie d’une rivière à l’autre. L’étude de la structure génétique indique également une différentiation génétique significative entre les rivières étudiées et une stabilité temporelle de cette structure dans le temps. Toutefois, le nombre de reproducteurs efficaces (Nb) varie d’une rivière à l’autre et diminue de façon générale depuis les années 1960, en association avec la diminution observée de la taille des populations (N). Les rivières Grand-Pabos, Jacques-Cartier et Laval possèdent les plus faibles nombres de reproducteurs efficaces (Nb) avec des valeurs inférieures à 100, ce qui suggère des niveaux de consanguinité plus élevés et implique d’y porter une attention particulière. Une diminution récente du ratio Nb/N avec l’intensité des ensemencements suggère une augmentation de la consanguinité dans les populations étudiées. Le ratio Nb/N moyen varie de 0,51 à 0,34 de 2010 à 2012, ce qui suggère qu’actuellement, pour une rivière donnée, moins de la moitié des individus recensés dans une population sont des reproducteurs efficaces. L’ensemble des résultats suggère que les ensemencements effectués dans le passé ont pu avoir un effet cumulatif sur l’intégrité génétique des populations de saumon atlantique en augmentant leur niveau de consanguinité. La poursuite de ce projet permettra d’approfondir le lien entre les différentes méthodes d’ensemencement et leur effet potentiel sur les populations de saumon atlantique, de définir de nouveaux indices de l’état des populations pour la gestion et de mieux comprendre l’évolution des populations à plus long terme.