Dense sampling of bird diversity increases power of comparative genomics - INRAE - Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement
Article Dans Une Revue Nature Année : 2020

Dense sampling of bird diversity increases power of comparative genomics

Shaohong Feng (1, 2, 3) , Josefin Stiller (4) , Yuan Deng (1, 3, 4) , Joel Armstrong (5) , Qi Fang (1, 3, 4) , Andrew Hart Reeve (6) , Duo Xie (1, 3, 7) , Guangji Chen (1, 3, 7) , Chunxue Guo (1, 3) , Brant Faircloth (8, 9, 10) , Bent Petersen (11, 4) , Zongji Wang (1, 3, 12, 13) , Qi Zhou (12, 13, 14) , Mark Diekhans (5) , Wanjun Chen (1, 3) , Sergio Andreu-Sánchez (4) , Ashot Margaryan (4, 15) , Jason Travis Howard (16) , Carole Parent (17) , George Pacheco (4) , Mikkel-Holger Sinding (4) , Lara Puetz (4) , Emily Cavill (4) , Ângela Ribeiro , Leopold Eckhart , Jon Fjeldså , Peter Hosner , Robb Brumfield , Les Christidis , Mads Bertelsen , Thomas Sicheritz-Ponten , Dieter Thomas Tietze , Bruce Robertson , Gang Song , Gerald Borgia , Santiago Claramunt , Irby Lovette , Saul Cowen , Peter Njoroge , John Philip Dumbacher , Oliver Ryder , Jérôme Fuchs , Michael Bunce , David Burt , Joel Cracraft , Guanliang Meng , Shannon Hackett , Peter Ryan , Knud Andreas Jønsson , Ian Jamieson , Rute da Fonseca , Edward Braun , Peter Houde , Siavash Mirarab , Alexander Suh , Bengt Hansson , Suvi Ponnikas , Hanna Sigeman , Martin Stervander , Paul Frandsen , Henriette van Der Zwan , Rencia van Der Sluis , Carina Visser , Christopher Balakrishnan , Andrew Clark , John Fitzpatrick , Reed Bowman , Nancy Chen , Alison Cloutier , Timothy Sackton , Scott Edwards , Dustin Foote , Subir Shakya , Frederick Sheldon , Alain Vignal (18) , André Soares , Beth Shapiro , Jacob González-Solís , Joan Ferrer-Obiol , Julio Rozas , Marta Riutort , Anna Tigano , Vicki Friesen , Love Dalén , Araxi Urrutia , Tamás Székely , Yang Liu , Michael Campana , André Corvelo , Robert Fleischer , Kim Rutherford , Neil Gemmell , Nicolas Dussex , Henrik Mouritsen , Nadine Thiele , Kira Delmore , Miriam Liedvogel , Andre Franke , Marc Hoeppner , Oliver Krone , Adam Fudickar , Borja Milá , Ellen Ketterson , Andrew Eric Fidler , Guillermo Friis , Ángela Parody-Merino , Phil Battley , Murray Cox , Nicholas Costa Barroso Lima , Francisco Prosdocimi , Thomas Lee Parchman , Barney Schlinger , Bette Loiselle , John Blake , Haw Chuan Lim , Lainy Day , Matthew Fuxjager , Maude Baldwin , Michael Braun , Morgan Wirthlin , Rebecca Dikow , T. Brandt Ryder , Glauco Camenisch , Lukas Keller , Jeffrey Dacosta , Mark Hauber , Matthew Louder , Christopher Witt , Jimmy Mcguire , Joann Mudge , Libby Megna , Matthew Carling , Biao Wang , Scott Taylor , Glaucia Del-Rio , Alexandre Aleixo , Ana Tereza Ribeiro Vasconcelos , Claudio Mello , Jason Weir , David Haussler , Qiye Li , Huanming Yang , Jian Wang , Fumin Lei , Carsten Rahbek , M. Thomas P. Gilbert , Gary Graves , Erich Jarvis , Benedict Paten , Guojie Zhang
Mark Diekhans
Jason Travis Howard
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Ângela Ribeiro
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Leopold Eckhart
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Jon Fjeldså
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Peter Hosner
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Robb Brumfield
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Les Christidis
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Mads Bertelsen
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Thomas Sicheritz-Ponten
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Dieter Thomas Tietze
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Bruce Robertson
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Gang Song
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Gerald Borgia
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Santiago Claramunt
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Irby Lovette
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Saul Cowen
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Peter Njoroge
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John Philip Dumbacher
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Oliver Ryder
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Jérôme Fuchs
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Michael Bunce
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David Burt
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Joel Cracraft
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Guanliang Meng
Shannon Hackett
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Peter Ryan
Knud Andreas Jønsson
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Ian Jamieson
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Rute da Fonseca
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Edward Braun
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Peter Houde
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Siavash Mirarab
Alexander Suh
Bengt Hansson
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Suvi Ponnikas
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Hanna Sigeman
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Martin Stervander
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Paul Frandsen
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Henriette van Der Zwan
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Rencia van Der Sluis
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Christopher Balakrishnan
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Andrew Clark
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John Fitzpatrick
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Reed Bowman
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Jacob González-Solís
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  • PersonId : 4334
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Matthew Fuxjager
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Christopher Witt
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Matthew Carling
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Biao Wang
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Glaucia Del-Rio
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Alexandre Aleixo
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Claudio Mello
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Jason Weir
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David Haussler
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Qiye Li
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Huanming Yang
  • Fonction : Auteur
Jian Wang
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  • PersonId : 737345
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Fumin Lei
  • Fonction : Auteur
Carsten Rahbek
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M. Thomas P. Gilbert
Gary Graves
  • Fonction : Auteur
Erich Jarvis
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Benedict Paten
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Guojie Zhang
  • Fonction : Auteur

Résumé

Whole-genome sequencing projects are increasingly populating the tree of life and characterizing biodiversity1–4. Sparse taxon sampling has previously been proposed to confound phylogenetic inference5, and captures only a fraction of the genomic diversity. Here we report a substantial step towards the dense representation of avian phylogenetic and molecular diversity, by analysing 363 genomes from 92.4% of bird families—including 267 newly sequenced genomes produced for phase II of the Bird 10,000 Genomes (B10K) Project. We use this comparative genome dataset in combination with a pipeline that leverages a reference-free whole-genome alignment to identify orthologous regions in greater numbers than has previously been possible and to recognize genomic novelties in particular bird lineages. The densely sampled alignment provides a single-base-pair map of selection, has more than doubled the fraction of bases that are confdently predicted to be under conservation and reveals extensive patterns of weak selection in predominantly non-coding DNA. Our results demonstrate that increasing the diversity of genomes used in comparative studies can reveal more shared and lineage-specifc variation, and improve the investigation of genomic characteristics. We anticipate that this genomic resource will ofer new perspectives on evolutionary processes in cross-species comparative analyses and assist in eforts to conserve species.
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Citer

Shaohong Feng, Josefin Stiller, Yuan Deng, Joel Armstrong, Qi Fang, et al.. Dense sampling of bird diversity increases power of comparative genomics. Nature, 2020, 587 (7833), pp.252-257. ⟨10.1038/s41586-020-2873-9⟩. ⟨hal-03155898⟩
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