QTL detection and integration of genomic information in a complex pedigree of black poplar (Populus nigra L.)
Résumé
A quantitative trait locus (QTL) analysis designed for a multi-parent population was carried out in black poplar (Populus nigra L.). The factorial mating design used here contains 6 parents and 8 families for a total of 261 offsprings. A consensus genetic map was produced based on the physical map with the cM/pb ratio. A total of 9 traits were investigated using the pedigree-based analysis (PBA) approach under a Bayesian framework using a software FlexQTL™. A set of 37 QTLs involved in 9 quantitative phenotypic traits was identified and 2 to 7 QTL were detected per trait. These QTLs accounted for up to 59% of the additive variance for the branche angle. After this analysis, the gene under the QTLs were extracted from the Populus trichocarpa database reference genome. Those genes were entered and analysed into Pathway Studio® database to create a gene network. This network helps to determine which biological function are under the QTLs. The functions uncovered are consistent with traits analysed.
Une détection de QTL a été réalisée sur un plan de croisement factoriel de peuplier noir. Ce factoriel se compose de 6 parents formant 8 familles pour un total de 261 descendants. La carte génétique consensus a été réalisée à partir de la carte physique grâce aux ratios cM/pb de chaque chromosome ce qui a permis de relier les deux cartes. Un total de 9 caractères ont été analysés dans un cadre bayésien implémenté dans le logiciel FlexQTLTM, qui s’appuie sur la structure du pedigree. Un total de 37 QTLs a été détecté et répartis entre 2 à 7 QTLs par caractère. Les QTLs expliquent jusqu’à un maximum 59% de la variance additive de l’angle de branche. Après cette analyse, les gènes sous les QTLs ont été extraits de la base de données du génome de référence P.trichocarpa et analysés dans la base de données Pathway Studio® afin de créer des réseaux de gènes. Les réseaux ont permis de déterminer quelles fonctions biologiques significatives correspondaient aux QTLs. Enfin, les fonctions découvertes étaient cohérentes avec le type de caractères analysés.
Origine : Fichiers produits par l'(les) auteur(s)