L'évolution des écosystèmes est une question débattue sur un plan théorique. Mais l'absence de populations d'écosystèmes au sein desquelles il serait possible d'observer la sélection de certains variants conduit à une impasse : il n’existe pas de données empiriques pour valider ou invalider les hypothèses théoriques. Avec le développement des outils de séquençage massif, il devient possible de caractériser la structure des communautés microbiennes de nombreux microbiomes similaires (par exemple ceux des intestins humains ou des rhizosphères des plantes). On peut alors rechercher des indications d’une sélection naturelle ou mettre en place des expériences de sélection artificielle, dans lesquelles les microbiomes sont sélectionnés pour une propriété définie par l’expérimentateur. Je présenterai les résultats récents issus de la littérature sur la sélection artificielle de microbiomes, les champs d’application dans lesquels cette approche est la plus prometteuse et les obstacles à lever pour que ce champ de recherche encore embryonnaire se développe.