COLNATOR - Caractérisation de la collection nationale de ressources génétiques d’orge
Résumé
The barley national collection, made of 570 French accessions, was evaluated during three years for ten
agro-morphological traits in a multisite network (heading, plant height, loading, spike compactness, spike
row number, disease susceptibilities). Furthermore, the whole collection was genotyped for a set of 1056
SNPs. Field evaluation results show a wide diversity for all observed traits. The use of empiric selection
index on disease traits (barley leaf rust, powdery mildew, leaf blotch, net blotch, Ramularia leaf spot)
makes it possible to define two different panels of 43 accessions (winter and spring types) showing high
level of resistance for each studied pathogen. From SNPs genotyping data, clustering analysis of the
whole collection exhibits the importance of winter vs spring type and spike row number as factors to
explain genetic structure. A first approach of GWAS between markers and traits indicates a total of 1666
significant associations (p<0.001). The whole evaluation dataset of this collection will be soon accessible
on internet (https://urgi.versailles.inra.fr/siregal/siregal/grc.do) and the national collection will be declared
as French contribution to TIRPAA (international treaty on genetic resources for food and agriculture).
La collection nationale d’orge, regroupant 570 accessions françaises, a été évaluée pour une dizaine de
caractères agro-morphologiques (précocité, hauteur, sensibilité à la verse, compacité et nombre de rangs
de l’épi, sensibilité aux pathogènes : rouille naine, oïdium, rhynchosporiose, helminthosporiose,
ramulariose), dans un réseau de dix sites. Par ailleurs, la collection a été génotypée pour 1056 SNPs
répartis sur l’ensemble du génome. Les résultats d’évaluation agronomique mettent en évidence une
large variabilité pour l’ensemble des caractères observés. L’application d’un index empirique de sélection
sur les caractères de sensibilités aux maladies a permis de définir parmi la collection deux panels (type
hiver et printemps) de 43 accessions chacun, montrant de bons niveaux de résistances aux cinq
pathogènes étudiés. A partir des données SNPs, l’analyse de la structure de la collection a confirmé
l’importance du type hiver vs printemps et du nombre de rangs de l’épi comme facteurs structurants. Par
la suite, une première approche de génétique d’association a permis de révéler au total 1666 associations
statistiquement significatives entre phénotypes et génotypes aux marqueurs étudiés. L’ensemble des
données d’évaluation sera bientôt publiquement accessible sur le net
(https://urgi.versailles.inra.fr/siregal/siregal/grc.do) et la collection nationale déclarée comme contribution
française au traité international sur les ressources phytogénétiques.
Origine : Fichiers éditeurs autorisés sur une archive ouverte