Ce rapport fait état de l’avancement de recherches sur des préférences d’habitats des cyprinidés dans les hydrosystèmes d’eaux courantes. En regard de leur importance sur la répartition locale des poissons dans la mosaïque des habitats, la hauteur d’eau (HW) et la vitesse du courant (V) sont les variables environnementales qui ont été retenues pour la construction des modèles mathématiques. Ce travail porte sur 44 espèces de poissons (85 288 individus), pêchés dans 9 cours d’eau. Les données ont été recueillies conjointement par le Cemagref (UR BELY, HBAN et HYAX), le CSP, ECOTEC et l’Université de Marseille I, depuis 1989. Dans le cadre du projet Cypref, le logiciel 5M7, couplé au logiciel HydroSignature, a été développé par l’UR HYAX. Il permet actuellement de calculer les trajectoires d’un ensemble de cyprinidés dans l’espace (HW,V,Longueur Totale) et de manipuler des données habitats hydrauliques - poissons à partir d’une base de données de pêches par ambiances. Le logiciel permet de calculer des coefficients bivariés (HW,V) pour chaque classe hydraulique de la grille des hydrosignatures. Selon les modèles utilisés, il calcule, soit des coefficients de préférences, soit des coefficients d'occupation. Les coefficients d'occupation peuvent être utilisés pour effectuer des changements d'échelles et propager les résultats d'échantillonnages au tronçon – sous réserve de ne pas extrapoler des résultats en dehors de l'enveloppe de l'hydrosignature des ambiances pêchées. L’étude montre que la modélisation mathématique habitat-poisson des grands individus s'avère délicate, car ils sont naturellement peu représentés au sein de la distribution en classes de tailles. Une sous estimation systématique de la vitesse moyenne de courant préférée peut être suspectée. Par ailleurs, il a été montré que les relations hauteurs-vitesses-longueurs varient sensiblement d'une rivière à l'autre et qu'elles s'échelonnent selon les gradients de hauteurs et de vitesses moyennes échantillonnées.