L'analyse ex vivo des interactions entre les cellules épithéliales intestinales et des agents pathogènes entériques a été entravée par le manque de systèmes appropriés de culture de l'épithélium intestinal. Récemment, des équipes ont réussi à mettre au point des cultures de «structures organoïdes» isolées de cryptes intestinales de souris, qui possèdent des caractéristiques histologiques mimant l’organisation de l’épithélium intestinal in vivo. Notre objectif est de développer la culture d’organoïdes dérivés de cryptes intestinales de souris, de volaille et de bovin afin d’étudier l’interaction de Salmonella Typhimurium, Cryptosporidium parvum et Eimeria tenella avec l’épithélium intestinal. Ce système représente un modèle expérimental très approprié pour visualiser (i) le caractère invasif des pathogènes (ii) la réponse des cellules infectées (iii) le rôle de certaines populations cellulaires telles que les cellules de Paneth. Jusqu’à présent, les effets pathologiques des organismes infectieux étaient étudiés dans des modèles animaux et des lignées de cellules. Cette nouvelle approche permet une étude plus représentative des interactions cellules-pathogènes et de réduire l’utilisation d’animaux.