Le sujet de thèse fait partie d’un projet de développement territorial, porté par Dijon Métropole, dont l’objectif est de développer un système alimentaire durable d’ici 2030 sur l’aire urbaine de Dijon Métropole (3000 km2). Il s’inscrit dans l’une des actions du projet : l’action Sol Expert dont l’objectif est de développer un référentiel territorial de la qualité des sols afin de valider un diagnostic opérationnel pour accompagner la transition agroécologique. La question de recherche du sujet de thèse porte sur l’étude de l’effet des modes d’usage et des pratiques associées sur les communautés microbiennes telluriques et les services qu’elles fournissent. Des objectifs fondamentaux portant sur l’amélioration des connaissances en écologie des communautés microbiennes des sols découlent de cette question de recherche. Des objectifs plus finalisés consistent à valider un diagnostic opérationnel de la qualité microbiologique des sols à l’échelle d’un territoire et appropriable par les usagers des sols. Une stratégie d’échantillonnage pour 600 sites a été développée afin de capter l’hétérogénéité de l’ensemble du territoire (zones urbaine, péri-urbaine et rurale). Le travail expérimental de la thèse consiste à utiliser des outils de biologie moléculaire pour obtenir deux indicateurs microbiens caractéristiques de la qualité biologique du sol, la biomasse moléculaire microbienne et la diversité des communautés de bactéries et de champignons. L’approche de biogéographie déployée à l’échelle du territoire de Dijon Métropole va permettre i) d’une part de mieux comprendre les processus écologiques déterminant les profils de distribution spatiale et la régulation des communautés microbiennes, et ii) d’autre part de fournir le premier référentiel territorial de la qualité microbiologique des sols.