Dynamique de la communauté microbienne de sols tropicaux suite à une application répétée de fertilisants organiques et minéraux
Résumé
Organic waste products (OWP) with NPK mineral fertilization are known to have an impact on soil microbial communities. However, dynamic of these communities following a repeated OWP and NPK application has not been well described. In the present study, this dynamic was observed on soil sampled at the La Mare (La Réunion) field experiment, which was set up in 2013. This experiment includes control plot (without organic input, but mineral fertilization) and several plots receiving different types of OWP coupled with NPK fertilization. Physico-chemical parameters were measured on soils and OWPs (2013 to 2017). Soil microbial biomass (from 2013 to 2018) and the structure of microbial community (2014, 2015 and 2018) were also monitored. This last parameter was assessed by high throughout sequencing (RNAr 16S and 18S). Four years after OWP and NPK fertilization, an increase in microbial biomass was observed (%). A change of microbial community structure was also highlighted with a stimulation of Firmicutes, Proteobacteria, Glomeromycota and Basidiomycota throughout the years. Our results also suggested that microbial community structure dynamic was fertilization type dependent.
Les produits résiduaires organiques (PRO) avec une fertilisation minérale NPK sont connus pour avoir un impact sur les communautés microbiennes des sols. Cependant, la cinétique d’évolution de ces communautés suite à un apport répété de PRO et de NPK n’est pas encore bien décrite. Dans la présente étude, cette cinétique a été observée via des prélèvements de sols réalisés sur le site expérimental de La Mare (La Réunion) mis en place en 2013. Ce site contient plusieurs parcelles recevant différents types de PRO couplée à une fertilisation NPK en plus d’une parcelle témoin (minéral). Des mesures physico-chimiques des PRO et du sol (2013 à 2017) et des analyses relatives à la biomasse microbienne des sols (%) (2013 à 2018) ont été réalisées. Pour les années 2014, 2015 et 2018, un séquençage massif Illumina a été réalisé afin d’analyser la diversité et la structure de ces communautés. Quatre ans après la fertilisation PRO + NPK, une augmentation de la biomasse microbienne a été observée, ainsi que pour la structure de la communauté microbienne où différents phyla ont été stimulés (Firmicutes, Proteobacteria, Glomeromycota et Basidiomycota). L’amplitude de réponse des communautés microbiennes a montré un effet NPK plus important que ceux des PRO.